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- PDB-6h8q: Structural basis for Scc3-dependent cohesin recruitment to chromatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8q
タイトルStructural basis for Scc3-dependent cohesin recruitment to chromatin
要素
  • (DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)- ...) x 3
  • Cohesin subunit SCC3コヒーシン
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3')
  • Sister chromatid cohesion protein 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Cohesin cell proliferation Scc3 DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / double-strand break repair / 細胞分裂 / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / protein kinase binding / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. ...Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Cohesin subunit SCC3 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.631 Å
データ登録者Li, Y. / Muir, K. / Panne, D.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for Scc3-dependent cohesin recruitment to chromatin.
著者: Li, Y. / Muir, K. / Bowler, M.W. / Metz, J. / Haering, C.H. / Panne, D.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SCC3
B: Cohesin subunit SCC3
G: Sister chromatid cohesion protein 1
H: Sister chromatid cohesion protein 1
E: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,8078
ポリマ－312,8078
非ポリマー00
水0
1
A: Cohesin subunit SCC3
G: Sister chromatid cohesion protein 1
E: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,4044
ポリマ－156,4044
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area53700 Å2
手法PISA
2
B: Cohesin subunit SCC3
H: Sister chromatid cohesion protein 1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,4034
ポリマ－156,4034
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area53760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)296.240, 110.020, 115.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質 Cohesin subunit SCC3 / コヒーシン / Irregular cell behavior protein 1


分子量: 133172.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IRR1, SCC3, YIL026C / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P40541
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 11583.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158

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DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)- ... , 3種, 3分子 EFD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5861.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5785.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5769.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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DNA鎖 , 1種, 1分子 C

#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5876.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1M Bis-TRIS, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 20963 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3.6→3.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UVK, 4UVL

4uvk

4uvl


解像度: 3.631→50 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 50.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3185 1093 5.22 %
Rwork0.2835 --
obs0.2854 20930 48.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.631→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14805 1558 0 0 16363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45123076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1519925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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