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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gyb
タイトルCryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri
要素
  • VirB10 protein
  • VirB7
  • VirB9 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / core complex / bacterial killing / protein transport / bacterial Type IV Secretion System (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q, C-terminal / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q C-terminal domain-containing protein / VirB9 protein / VirB10 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Sgro, G.G. / Costa, T.R.D. / Farah, C.S. / Waksman, G.
資金援助 英国, ブラジル, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust098302 英国
Sao Paulo Research Foundation2011/07777-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation2017/17303-7 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri.
著者: Germán G Sgro / Tiago R D Costa / William Cenens / Diorge P Souza / Alexandre Cassago / Luciana Coutinho de Oliveira / Roberto K Salinas / Rodrigo V Portugal / Chuck S Farah / Gabriel Waksman /
要旨: Type IV secretion (T4S) systems form the most common and versatile class of secretion systems in bacteria, capable of injecting both proteins and DNAs into host cells. T4S systems are typically ...Type IV secretion (T4S) systems form the most common and versatile class of secretion systems in bacteria, capable of injecting both proteins and DNAs into host cells. T4S systems are typically composed of 12 components that form 2 major assemblies: the inner membrane complex embedded in the inner membrane and the core complex embedded in both the inner and outer membranes. Here we present the 3.3 Å-resolution cryo-electron microscopy model of the T4S system core complex from Xanthomonas citri, a phytopathogen that utilizes this system to kill bacterial competitors. An extensive mutational investigation was performed to probe the vast network of protein-protein interactions in this 1.13-MDa assembly. This structure expands our knowledge of the molecular details of T4S system organization, assembly and evolution.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0089
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: VirB7
b: VirB9 protein
c: VirB10 protein
d: VirB7
e: VirB9 protein
f: VirB10 protein
g: VirB7
h: VirB9 protein
i: VirB10 protein
j: VirB7
k: VirB9 protein
l: VirB10 protein
m: VirB7
n: VirB9 protein
o: VirB10 protein
p: VirB7
q: VirB9 protein
r: VirB10 protein
s: VirB7
t: VirB9 protein
u: VirB10 protein
A: VirB7
B: VirB9 protein
C: VirB10 protein
D: VirB7
E: VirB9 protein
F: VirB10 protein
G: VirB7
H: VirB9 protein
I: VirB10 protein
J: VirB7
K: VirB9 protein
L: VirB10 protein
M: VirB7
N: VirB9 protein
O: VirB10 protein
P: VirB7
Q: VirB9 protein
R: VirB10 protein
S: VirB7
T: VirB9 protein
U: VirB10 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,225,20542
ポリマ－1,225,20542
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The core complex of circa 1.13 MDa in size was purified from a HiLoad Superose 6 GL 16/700 gel filtration column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area211350 Å2
ΔGint-910 kcal/mol
Surface area308440 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
VirB7


分子量: 14762.795 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
遺伝子: XAC2622 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PJB3
#2: タンパク質
VirB9 protein


分子量: 29359.385 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: virB9, XAC2620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PJB5
#3: タンパク質
VirB10 protein


分子量: 43392.469 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: virB10, XAC2619 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PJB6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas分泌
タイプ: COMPLEX
詳細: Fourteen copies of each of the following three subunits: VirB7, VirB9 and VirB10
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンNH2C(CH2OH)3HCl1
2200 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
310 mMLDAOCH3(CH2)11N(O)(CH3)21
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.2 K
詳細: Blot for 4.5 seconds after 30 seconds of incubation.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1469
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU1.8画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.6モデルフィッティング
8UCSF Chimera8.6.1モデルフィッティング
10cryoSPARC1初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
14PHENIX1.12モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 185079
対称性点対称性: C14 (14回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142306 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 138 / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: The electron density was clearly interpretable, which allowed us to build a de novo structural model. This process began by fitting the crystallographic model of the X. citri VirB7 C-terminal ...詳細: The electron density was clearly interpretable, which allowed us to build a de novo structural model. This process began by fitting the crystallographic model of the X. citri VirB7 C-terminal N0 domain (PDB:3OV5) and the NMR model of the X. citri VirB9CTD-VirB7NTD complex (PDB:2N01) in order to identify the map with the correct handedness. Models were positioned using Fit in map tool in Chimera, and saved relative to the map. Using these as starting points, we were able to manually build the rest of the model for VirB7 and VirB9CTD, and the de novo models for VirB10CTD, VirB10NTD_150-161 and VirB9NTD using Coot. In this manner, we obtained a combined model for a single VirB7-VirB9-VirB10 heterotrimer unit, which was submitted to iterative rounds of real space refinement and building using PHENIX and Coot software, respectively. Thirteen more copies of the refined heterotrimer were then fit into the density map using Chimera and new rounds of real space refinement (now using NCS for the 42 chains contained in the structure) and building using PHENIX and Coot, respectively, were executed until we obtained good parameters for Ramachandran plot and MolProbity. Chimera and PyMol were used for map and model visualization and figure production.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00860690
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89282586
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.32436232
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.069338
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00710570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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