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万見
- PDB-6gox: SecA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gox
タイトルSecA
要素Protein translocase subunit SecA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / truncation
機能・相同性
機能・相同性情報


preprotein binding / cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting to membrane / protein secretion / protein targeting ...preprotein binding / cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting to membrane / protein secretion / protein targeting / ribonucleoprotein complex binding / chaperone-mediated protein folding / cytoplasmic side of plasma membrane / ribosome binding / protein transport / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site ...SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者White, S.A. / Huber, D.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The C-terminal tail of the bacterial translocation ATPase SecA modulates its activity.
著者: Jamshad, M. / Knowles, T.J. / White, S.A. / Ward, D.G. / Mohammed, F. / Rahman, K.F. / Wynne, M. / Hughes, G.W. / Kramer, G. / Bukau, B. / Huber, D.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3511
ポリマ－93,3511
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area39380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.140, 106.830, 75.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA


分子量: 93351.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: secA, azi, pea, prlD, b0098, JW0096 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10408

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 0.054 BIS-TRIS propane, pH6.4, 0.036M citrate, plus additives
PH範囲: 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→88.69 Å / Num. obs: 31379 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.45 % / Net I/σ(I): 9.44
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.5→88.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 40.702 / SU ML: 0.607 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.662
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2927 785 4.9 %RANDOM
Rwork0.2315 ---
obs0.2344 15321 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 326.58 Å2 / Biso mean: 157.574 Å2 / Biso min: 75.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.54 Å2-0 Å2-4.27 Å2
2--4.7 Å20 Å2
3---3.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→88.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6182 0 0 0 6182
残基数----777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9658475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.123314032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.895773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15824.097310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9871556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021412
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 69 -
Rwork0.352 1095 -
all-1164 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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