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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gej | ||||||||||||||||||
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タイトル | Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / Chromatin / Remodeller / ATPase / Histone | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / R2TP complex ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / R2TP complex / HDACs deacetylate histones / protein targeting to vacuole / Swr1 complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Ino80 complex / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / recombinational repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 3'-5' DNA helicase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / CENP-A containing nucleosome / intracellular copper ion homeostasis / nucleosome binding / Ub-specific processing proteases / nucleosomal DNA binding / DNA helicase activity / nuclear periphery / helicase activity / heterochromatin formation / aerobic respiration / structural constituent of chromatin / rRNA processing / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein stabilization / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Willhoft, O. / Chua, E.Y.D. / Wilkinson, M. / Wigley, D.B. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure and dynamics of the yeast SWR1-nucleosome complex. 著者: Oliver Willhoft / Mohamed Ghoneim / Chia-Liang Lin / Eugene Y D Chua / Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Rafael Ayala / Elizabeth A McCormack / Lorraine Ocloo / David S Rueda / Dale B Wigley / 要旨: The yeast SWR1 complex exchanges histone H2A in nucleosomes with Htz1 (H2A.Z in humans). The cryo-electron microscopy structure of the SWR1 complex bound to a nucleosome at 3.6-angstrom resolution ...The yeast SWR1 complex exchanges histone H2A in nucleosomes with Htz1 (H2A.Z in humans). The cryo-electron microscopy structure of the SWR1 complex bound to a nucleosome at 3.6-angstrom resolution reveals details of the intricate interactions between components of the SWR1 complex and its nucleosome substrate. Interactions between the Swr1 motor domains and the DNA wrap at superhelical location 2 distort the DNA, causing a bulge with concomitant translocation of the DNA by one base pair, coupled to conformational changes of the histone core. Furthermore, partial unwrapping of the DNA from the histone core takes place upon binding of nucleosomes to SWR1 complex. The unwrapping, as monitored by single-molecule data, is stabilized and has its dynamics altered by adenosine triphosphate binding but does not require hydrolysis. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gej.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gej.ent.gz | 818.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gej_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gej_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6gej_validation.xml.gz | 124.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gej_validation.cif.gz | 194.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6gej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6gej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 2分子 ZS
#1: タンパク質 | 分子量: 11166.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#10: タンパク質 | 分子量: 32073.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: VPS71, SWC6, YML041C, YM8054.02C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03433 |
-タンパク質 , 6種, 10分子 ABCDEFGHMR
#2: タンパク質 | 分子量: 15405.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830 #3: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309 #4: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911 #5: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02293 #8: タンパク質 | | 分子量: 174792.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWR1, YDR334W, D9651.6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q05471, DNA helicase #9: タンパク質 | | 分子量: 50100.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: ARP6, YLR085C, L2393, L9449.13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12509 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 47274.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 47803.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 TVXUWY
#11: タンパク質 | 分子量: 50516.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RVB1, TIH1, TIP49A, YDR190C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03940, DNA helicase #12: タンパク質 | 分子量: 51673.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RVB2, TIH2, TIP49B, YPL235W, P1060 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12464, DNA helicase |
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-非ポリマー , 4種, 20分子
#13: 化合物 | ChemComp-ADP / #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.3 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.2 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 1.7179487179487 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5517 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98529 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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