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- PDB-6gbe: Murine Protein Tyrosine Phosphatase PTPN13 PDZ3 Domain-PRK2 Pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbe
タイトルMurine Protein Tyrosine Phosphatase PTPN13 PDZ3 Domain-PRK2 Peptide Complex
要素
  • Serine/threonine-protein kinase N2
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PTPN13 / PDZ3
機能・相同性
機能・相同性情報


RND3 GTPase cycle / negative regulation of excitatory synapse assembly / epithelial cell migration / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / protein kinase C / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / cell projection organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding ...RND3 GTPase cycle / negative regulation of excitatory synapse assembly / epithelial cell migration / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / protein kinase C / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / cell projection organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / apical junction assembly / regulation of cell motility / RNA polymerase binding / intermediate filament cytoskeleton / apical junction complex / RHOB GTPase cycle / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / 分裂溝 / RHOA GTPase cycle / positive regulation of viral genome replication / 脱リン酸化 / RHO GTPases activate PKNs / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of mitotic cell cycle / プロテインチロシンホスファターゼ / negative regulation of protein phosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / 核小体 / small GTPase binding / histone deacetylase binding / lamellipodium / cell body / kinase activity / midbody / 細胞骨格 / nuclear body / 細胞接着 / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cadherin binding / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain ...Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / C2 domain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase N2 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kock, G. / Stoll, R.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Molecular Basis of Class III Ligand Recognition by PDZ3 in Murine Protein Tyrosine Phosphatase PTPN13.
著者: Kock, G. / Dicks, M. / Yip, K.T. / Kohl, B. / Putz, S. / Heumann, R. / Erdmann, K.S. / Stoll, R.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
B: Serine/threonine-protein kinase N2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2732
ポリマ－14,2732
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / PTP36 / Protein tyrosine phosphatase DPZPTP / Protein tyrosine phosphatase PTP-BL / Protein- ...PTP36 / Protein tyrosine phosphatase DPZPTP / Protein tyrosine phosphatase PTP-BL / Protein-tyrosine phosphatase RIP


分子量: 12690.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptpn13, Ptp14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q64512, プロテインチロシンホスファターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase N2 / PKN gamma / Protein kinase C-like 2 / Protein-kinase C-related kinase 2


分子量: 1582.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16513, protein kinase C

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
142isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PDZ3/PRK2, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] PDZ3/PRK2, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMPDZ3/PRK2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mMPDZ3/PRK2[U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: PBS Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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