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- PDB-2l6u: Solution NMR Structure of Med25(391-543) Comprising the Activator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6u
タイトルSolution NMR Structure of Med25(391-543) Comprising the Activator-Interacting Domain (ACID) of Human Mediator Subuniti 25. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6188A
要素Mediator complex subunit MED25
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / ARC92 / ACID / PTOV
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mediator complex assembly / positive regulation of chromatin binding / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation ...positive regulation of mediator complex assembly / positive regulation of chromatin binding / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription coactivator binding / transcription regulator complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Eletsky, A. / Ryuechan, W.T. / Sukumaran, D.K. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Eletsky, A. / Ryuechan, W.T. / Sukumaran, D.K. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2011
タイトル: Solution NMR structure of MED25(391-543) comprising the activator-interacting domain (ACID) of human mediator subunit 25.
著者: Eletsky, A. / Ruyechan, W.T. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.42020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52021年8月18日Group: Database references / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling
改定 1.62023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator complex subunit MED25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6381
ポリマ－18,6381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator complex subunit MED25


分子量: 18637.617 Da / 分子数: 1 / 断片: ACID domain residues 391-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q71SY5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CA)CO
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1813D HBHA(CO)NH
1913D HNCA
11012D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
11112D 1H-13C CT-HSQC aromatic
11211D 15N T1
11311D 15N T2
11413D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11513D (H)CCH-COSY aliphatic
11613D (H)CCH-COSY aromatic
11712D 1H-15N LR-HSQC for histidines
11812D (HB)CB(CGCDCE)HDHE
11922D 1H-13C CT-HSQC methyl

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 MM [U-100% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.4 MM [U-5% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMHR6188A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMESnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMcalcium chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.4 mMHR6188A[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMESnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMcalcium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
VnmrJ2.2DVariancollection
PROSA6.4Guntert解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
TALOS+1.2009.0721.18Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND AUTOSTRUCTURE IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND AUTOSTRUCTURE IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE SELECTED AND USED IN ITERATIVE REFINEMENT WITH CYANA. THE 20 CONFORMERS OUT OF 100 WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN EXPLICIT WATER BATH USING THE PROGRAM CNS WITH PARAM19 FORCE FIELD.
NMR constraintsNOE constraints total: 2684 / NOE intraresidue total count: 614 / NOE long range total count: 984 / NOE medium range total count: 460 / NOE sequential total count: 626 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 60 / Protein psi angle constraints total count: 60
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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