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- PDB-6gaw: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gaw
タイトルUnique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the complete 55S ribosome.
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 7
  • (39S ribosomal protein ...) x 11
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 35
  • (unassigned secondary structure ...) x 2
  • 12S ribosomal RNA, mitochondrialリボソームRNA
  • 16S ribosomal RNA, mitochondrialリボソームRNA
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
  • Death associated protein 3
  • ICT1
  • MT-CO3 mRNA, mitochondrial
  • P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Ribosomal protein
  • Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
  • Uncharacterized protein
  • bL32m
  • bL33m
  • bS16m
  • bS21m
  • mL42
  • mL43
  • mL45
  • mL50
  • mL53
  • mL54
  • mL64Microsoft Macro Assembler
  • mL65
  • mS27
  • mS31
  • mS33
  • tRNA-Phe, mitochondrial
  • uL14m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL30m
  • uS17m
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation initiation / initiation factor IF2 / mitochondria (ミトコンドリア) / membrane targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / : / translation factor activity, RNA binding / ribosome disassembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / : / translation factor activity, RNA binding / ribosome disassembly / mitochondrial translational termination / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation initiation / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / regulation of translational initiation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / organelle membrane / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / translation initiation factor activity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / 細胞結合 / small ribosomal subunit / 核膜 / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / シナプス / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 ...性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 40S ribosomal protein rpS2 (S5p), N-terminal / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L37/S30 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Ribosomal protein L35, mitochondrial / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Tim44-like domain / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Tim44 / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-ホルミルメチオニン / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / スペルミン / : / : / : / : / : ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-ホルミルメチオニン / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / スペルミン / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / Large ribosomal subunit protein mL62 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL34m / Ribosomal protein / Mitochondrial ribosomal protein S23 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Mitochondrial ribosomal protein L41 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL32m / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kummer, E. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1196-2014 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM.
著者: Eva Kummer / Marc Leibundgut / Oliver Rackham / Richard G Lee / Daniel Boehringer / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The ...Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The initiation of protein synthesis in mitochondria differs substantially from bacterial or cytosolic translation systems. Mitochondrial translation initiation lacks initiation factor 1, which is essential in all other translation systems from bacteria to mammals. Furthermore, only one type of methionyl transfer RNA (tRNA) is used for both initiation and elongation, necessitating that the initiation factor specifically recognizes the formylated version of tRNA (fMet-tRNA). Lastly, most mitochondrial mRNAs do not possess 5' leader sequences to promote mRNA binding to the ribosome. There is currently little mechanistic insight into mammalian mitochondrial translation initiation, and it is not clear how mRNA engagement, initiator-tRNA recruitment and start-codon selection occur. Here we determine the cryo-EM structure of the complete translation initiation complex from mammalian mitochondria at 3.2 Å. We describe the function of an additional domain insertion that is present in the mammalian mitochondrial initiation factor 2 (mtIF2). By closing the decoding centre, this insertion stabilizes the binding of leaderless mRNAs and induces conformational changes in the rRNA nucleotides involved in decoding. We identify unique features of mtIF2 that are required for specific recognition of fMet-tRNA and regulation of its GTPase activity. Finally, we observe that the ribosomal tunnel in the initiating ribosome is blocked by insertion of the N-terminal portion of mitochondrial protein mL45, which becomes exposed as the ribosome switches to elongation mode and may have an additional role in targeting of mitochondrial ribosomes to the protein-conducting pore in the inner mitochondrial membrane.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CL: Mitochondrial ribosomal protein L12
DL: Mitochondrial ribosomal protein L12
EL: Mitochondrial ribosomal protein L12
FL: Mitochondrial ribosomal protein L12
GL: Mitochondrial ribosomal protein L12
HL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B0: Mitochondrial ribosomal protein L27
B1: Mitochondrial ribosomal protein L28
B2: Mitochondrial ribosomal protein L47
B3: uL30m
B4: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
B5: bL32m
B6: bL33m
B7: Mitochondrial ribosomal protein L34
B8: Mitochondrial ribosomal protein L35
B9: Ribosomal protein
BA: 16S ribosomal RNA, mitochondrial
BB: tRNA-Phe, mitochondrial
BC: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
BD: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
BE: ICT1
BF: Mitochondrial ribosomal protein L4
BI: Mitochondrial ribosomal protein L9
BJ: Mitochondrial ribosomal protein L10
BK: Mitochondrial ribosomal protein L11
BL: Mitochondrial ribosomal protein L12
BN: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
BO: uL14m
BP: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
BQ: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
BR: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
BS: Mitochondrial ribosomal protein L18
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
BU: Mitochondrial ribosomal protein L20
BV: Mitochondrial ribosomal protein L21
BW: uL22m
BX: uL23m
BY: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
Ba: Mitochondrial ribosomal protein L37
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L38
Bc: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bd: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial isoform 1
Be: Mitochondrial ribosomal protein L41
Bf: mL42
Bg: mL43
Bh: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
Bi: mL45
Bj: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bk: Mitochondrial ribosomal protein L48
Bl: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
Bm: mL50
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L51
Bo: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
Bp: mL53
Bq: mL54
Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bu: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
Bv: mL64
Bw: mL65
Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A
Bz: unassigned secondary structure elements
AA: 12S ribosomal RNA, mitochondrial
AB: Mitochondrial ribosomal protein S2
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AE: Mitochondrial ribosomal protein S5
AF: Mitochondrial ribosomal protein S6
AG: Mitochondrial ribosomal protein S7
AI: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S10
AK: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
AL: Mitochondrial ribosomal protein S12
AN: Mitochondrial ribosomal protein S14
AO: Uncharacterized protein
AP: bS16m
AQ: uS17m
AR: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AU: bS21m
AV: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
AX: MT-CO3 mRNA, mitochondrial
AZ: unassigned secondary structure elements
Aa: Mitochondrial ribosomal protein S22
Ab: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
Ac: Mitochondrial ribosomal protein S25
Ad: Mitochondrial ribosomal protein S26
Ae: mS27
Af: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
Ag: Death associated protein 3
Ah: mS31
Ai: mS33
Aj: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
Ak: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
Am: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
An: Aurora kinase A interacting protein 1
Ao: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
Ap: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,207,140436
ポリマ－3,196,22895
非ポリマー10,912341
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 35種, 41分子 CLDLELFLGLHLBLB0B1B2B7B8BFBIBJBKBSBTBUBVBaBbBcBeBjBkBnBtBxAB...

#1: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287ARV8
#2: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RT79
#3: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28 /


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC7
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287A119
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#17: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B9C4, UniProt: F1S3J8*PLUS
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LR45
#19: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RWJ0
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RU54
#26: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNK1
#27: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#28: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#29: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RY70
#33: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37 /


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#34: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RW03
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHP6
#37: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#42: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1SRT0
#43: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 23749.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SUS9, UniProt: A0A480J9Z6*PLUS
#46: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287BE26
#50: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BP93
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRH6
#57: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S001
#58: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#59: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1SU66
#60: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitoribosomal protein bs6m / mrps6


分子量: 14283.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LEJ9
#61: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#63: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23192.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RUU2
#65: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#66: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#70: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#75: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#77: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#78: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287AY01

+
タンパク質 , 29種, 29分子 B3B5B6B9BCBEBOBWBXBfBgBiBmBpBqBuBvBwAOAPAQAUAeAgAhAiAmAnAo

#5: タンパク質 uL30m


分子量: 18585.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STE5
#7: タンパク質 bL32m


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LTC4
#8: タンパク質 bL33m


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#11: タンパク質 Ribosomal protein /


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A731
#14: タンパク質 Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / IF2(mt)


分子量: 72321.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mitochondria / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTIF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46199
#16: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 38427.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A140UHW4
#22: タンパク質 uL14m


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMZ6, UniProt: F1RQV7*PLUS
#30: タンパク質 uL22m


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RQC9
#31: タンパク質 uL23m


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZZC6
#38: タンパク質 mL42


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#39: タンパク質 mL43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#41: タンパク質 mL45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#45: タンパク質 mL50


分子量: 18351.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9H6
#48: タンパク質 mL53


分子量: 12029.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#49: タンパク質 mL54


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN63
#51: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#52: タンパク質 mL64 / Microsoft Macro Assembler


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#53: タンパク質 mL65


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#67: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMP0
#68: タンパク質 bS16m


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#69: タンパク質 uS17m


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RIU0
#71: タンパク質 bS21m


分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#79: タンパク質 mS27


分子量: 51945.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#81: タンパク質 Death associated protein 3


分子量: 45582.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LS10
#82: タンパク質 mS31


分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#83: タンパク質 mS33


分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8G3
#86: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1


分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU49
#87: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#88: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial


分子量: 78518.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GKS8

-
39S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 B4BDBNBPBQBRBYBdBhBlBo

#6: タンパク質 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / リボソーム


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / リボソーム


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRN2
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / リボソーム


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GP19
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / リボソーム


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RSH0
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / リボソーム


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI89
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / リボソーム


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4
#32: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / リボソーム


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RHJ1
#36: タンパク質 39S ribosomal protein L40, mitochondrial isoform 1 / リボソーム


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZP98
#40: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / リボソーム


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SR64
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / リボソーム / Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#47: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / リボソーム


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BABBAAAVAX

#12: RNA鎖 16S ribosomal RNA, mitochondrial / リボソームRNA


分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: GenBank: 33320725
#13: RNA鎖 tRNA-Phe, mitochondrial


分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CCA end is added post-transcriptionally. / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: GenBank: 76262549
#56: RNA鎖 12S ribosomal RNA, mitochondrial / リボソームRNA


分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 11055671
#72: RNA鎖 P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1390216722
#73: RNA鎖 MT-CO3 mRNA, mitochondrial


分子量: 63946.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1388777935

-
Unassigned secondary structure ... , 2種, 2分子 BzAZ

#55: タンパク質 unassigned secondary structure elements


分子量: 5846.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned secondary structure elements built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#74: タンパク質・ペプチド unassigned secondary structure elements


分子量: 1297.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned secondary structure elements built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓

-
28S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 AIAKAbAfAjAkAp

#62: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / リボソーム


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LU08
#64: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / リボソーム


分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#76: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / リボソーム


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#80: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / リボソーム / Mitoribosomal protein ms28 / mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#84: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / リボソーム


分子量: 25843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RG19
#85: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / リボソーム


分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SG95
#89: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / リボソーム / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q767K8

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非ポリマー , 9種, 346分子

#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#91: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#92: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#93: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#94: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#95: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#96: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#97: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#98: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mammalian mitochondrial translation initiation complex
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#89 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: sus sucorfa (ブタ)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.171 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: contains 55S mitochondrial ribosome, mitochondrial initiation factor 2, mitochondrial formyl-Met-tRNAMet and MT-CO3 mRNA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 13936
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION2.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8Oモデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
14RELION2.1３次元再構成
15PHENIX1.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1366787
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139206 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 66.8 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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