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- PDB-6g9t: CRYSTAL STRUCTURE OF CMY-136 class C BETA-LACTAMASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CMY-136 class C BETA-LACTAMASE
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CLASS C BETA-LACTAMASE CMY-136-HisTag / ANTIBIOTIC (抗生物質) / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Β-ラクタマーゼ / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / リン酸塩 / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zavala, A. / Retailleau, P. / Naas, T. / Iorga, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ANR-10-LABX-33 フランス
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Genetic, Biochemical, and Structural Characterization of CMY-136 beta-Lactamase, a Peculiar CMY-2 Variant.
著者: Zavala, A. / Retailleau, P. / Elisee, E. / Iorga, B.I. / Naas, T.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,55715
ポリマ－82,5062
非ポリマー1,05213
水7,134396
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7507
ポリマ－41,2531
非ポリマー4976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8078
ポリマ－41,2531
非ポリマー5547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.580, 58.090, 100.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ / CMY-136 Beta-lactamase


分子量: 41252.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCMY-61 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3F7G9, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % PEG 4000, 10 % Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→50.208 Å / Num. obs: 87503 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.78 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.597→1.625 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4345 / CC1/2: 0.749 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データ削減
AimlessVersion 0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZC2

1zc2


解像度: 1.6→16.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 4268 4.94 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 86460 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0555 Å20 Å21.2363 Å2
2--3.7986 Å20 Å2
3----3.7431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→16.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5604 0 63 397 6064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.047985HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes840HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5858HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion738SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7173SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3116 277 4.48 %
Rwork0.2875 5904 -
all0.2887 6181 -
obs--91.07 %
精密化 TLS

S33: -0.0183 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64740.0179-0.22670.5696-0.07120.3030.0278-0.04190.05810.0254-0.0095-0.0023-0.00670.0186-0.0746-0.00650.0087-0.0496-0.00930.0014-17.8468-4.8969-45.7776
20.70190.00780.18890.5407-0.12580.29570.02570.0511-0.0756-0.0291-0.0074-0.00270.00960.0311-0.08320.00770.0331-0.0451-0.01510.0022-17.8014-23.7225-4.2672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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