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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g63 | ||||||
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タイトル | RNase E in complex with sRNA RrpA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNase E / small regulatory RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of RNA helicase activity / リボヌクレアーゼE / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing ...regulation of RNA helicase activity / リボヌクレアーゼE / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / 転写後修飾 / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / protein complex oligomerization / protein homotetramerization / tRNA binding / rRNA binding / molecular adaptor activity / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.95 Å | ||||||
データ登録者 | Bandyra, K.B. / Luisi, B.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018 タイトル: Substrate Recognition and Autoinhibition in the Central Ribonuclease RNase E. 著者: Bandyra, K.J. / Wandzik, J.M. / Luisi, B.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g63.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g63.ent.gz | 995.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g63 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57495.465 Da / 分子数: 4 / 変異: D303R,D346R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: rne, ams, hmp1, b1084, JW1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21513, リボヌクレアーゼE #2: RNA鎖 | | 分子量: 8057.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Because of the low resolution, we modelled the RNA structure as two chains in a duplex of polyU:polyA. The sequence of the RNA used in the crystal is ...詳細: Because of the low resolution, we modelled the RNA structure as two chains in a duplex of polyU:polyA. The sequence of the RNA used in the crystal is ACGGUUAUAAAUCAACACAUUGAUUUAUAAGCAUGGAAAUCCCCUGAGUGAAACAACGAAUUGCUGUGUGUAGUCUUUGCCCGUCUCCUACGAUGGGCUUUUUUUU 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-U / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M KCl, 0.01 M MgCl2, 0.05 M Tris-HCl pH 8.5 and 30% (v/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.95→95.8 Å / Num. obs: 28217 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.95→4.19 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.95→19.947 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.95→19.947 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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