PDB-6g56: Apo-structure of the alanine racemase from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g56

タイトル

Apo-structure of the alanine racemase from Staphylococcus aureus

要素

Alanine racemase 1

アラニンラセマーゼ

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / pyridoxal 5 phosphate dependent / D-alanine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

アラニンラセマーゼ / D-alanine biosynthetic process /

alanine racemase activity /

pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Hoegl, A. / Sieber, S.A. / Schneider, S.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Mining the cellular inventory of pyridoxal phosphate-dependent enzymes with functionalized cofactor mimics.
著者: Hoegl, A. / Nodwell, M.B. / Kirsch, V.C. / Bach, N.C. / Pfanzelt, M. / Stahl, M. / Schneider, S. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2018年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g56.cif.gz	323.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g56.ent.gz	262.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/6g56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/6g56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g58C 6g59C 4a3qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g59-d 1sft-d 3oo2-d 1niu-d 1l6f-d 3udo-1 2brv-d 3e5p-1 1ojn-d 2odo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alanine racemase 1

B: Alanine racemase 1

ヘテロ分子

93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.701, 114.521, 126.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 381 / Label seq-ID: 24 - 403

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Alanine racemase 1 / アラニンラセマーゼ分子量: 45285.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Strep-tag 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: alr1, alr, SAV2070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63479, アラニンラセマーゼ
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M Ammonium sulphate, 50mM Sodium acetate, pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→84.78 Å / Num. obs: 51458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_rim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4390 / CC_1/2: 0.85 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4A3Q

4a3q

解像度: 2.15→84.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 12.272 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25386	2538	5 %	RANDOM
R_work	0.21685	-	-	-
obs	0.21871	48216	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→84.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6000	0	138	297	6435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.973	8526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	13426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.492	24.91	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.904	15	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.648	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.161	1.372	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.16	1.372	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.271	2.048	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.271	2.049	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.241	1.751	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.235	1.751	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.704	2.511	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.793	17.009	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.787	17.009	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24086 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.522	177	-
R_work	0.531	3359	-
obs	-	-	93.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1362	-0.0656	-0.2046	0.3423	0.9075	3.3664	-0.027	0.0713	0.0618	-0.0371	0.0973	-0.0906	-0.0728	0.2821	-0.0703	0.188	0.0014	-0.0039	0.0693	-0.0044	0.0637	12.653	-15.356	-46.195
2	2.8471	0.2805	0.1397	1.8027	0.3426	1.924	0.004	-0.036	0.2352	-0.082	-0.0799	-0.1033	-0.1614	0.0918	0.0759	0.1931	-0.0065	-0.0055	0.0283	0.0069	0.0327	2.199	-5.986	-54.724
3	2.7448	-0.9195	0.7766	4.176	-0.2648	2.2477	-0.058	-0.0096	0.0249	0.0211	0.0288	0.1313	-0.0973	-0.1316	0.0292	0.1624	-0.0085	-0.0045	0.1174	-0.0296	0.0135	-10.273	-16.185	-62.229
4	0.981	-0.0101	0.6229	0.6615	0.0258	2.9118	0.0514	0.0177	-0.1557	0.0662	0.0082	-0.1009	0.3962	0.0945	-0.0597	0.1995	0.0221	0.0089	0.0405	-0.0048	0.0449	7.74	-25.406	-46.796
5	2.086	-0.077	0.0634	2.7383	1.1285	3.1063	0.0624	-0.6419	-0.1988	0.795	-0.0004	-0.2066	0.6032	0.1036	-0.062	0.463	-0.0058	-0.0693	0.2441	0.0517	0.0625	10.964	-20.939	-17.433
6	7.9838	-1.0513	1.888	2.4633	0.1197	2.9636	0.1575	-0.2411	-0.4161	0.2186	-0.0016	0.0271	0.3854	0.1446	-0.1559	0.2775	0.0125	-0.0222	0.0691	0.0199	0.0262	5.7	-27.68	-31.942
7	2.3322	0.6184	0.509	3.7847	3.1082	4.1276	0.0804	0.1447	0.1228	-0.1305	0.1379	-0.3442	-0.2332	0.4492	-0.2183	0.2146	0.0014	0.0062	0.1213	0.006	0.0491	12.49	-9.902	-36.163
8	1.0131	-0.4961	-0.553	1.2376	3.0657	8.273	-0.0072	-0.0986	0.149	-0.2076	-0.0822	0.0163	-0.6042	-0.2025	0.0894	0.212	-0.0182	0.007	0.1421	-0.0878	0.1062	-9.151	3.966	-27.988
9	2.857	-0.3788	0.1485	1.6497	0.7856	1.4952	0.0108	-0.0943	0.1976	-0.0391	-0.0069	0.0711	-0.1671	-0.0064	-0.0038	0.2261	-0.0312	0.0117	0.1049	-0.035	0.0304	4.257	4.661	-21.588
10	3.9432	0.2917	-0.1967	4.2471	-1.3442	6.4124	-0.0165	0.3331	0.06	0.0765	-0.0498	-0.3523	-0.2976	0.4974	0.0663	0.2015	-0.0327	-0.005	0.1673	-0.0462	0.0613	21.454	3.005	-15.746
11	5.6744	0.3951	1.149	1.1489	0.4905	2.5814	0.102	-0.3306	-0.5357	0.2627	-0.0827	0.0602	0.3479	-0.3512	-0.0193	0.304	-0.0479	0.0183	0.173	-0.012	0.0688	7.257	-1.883	-3.141
12	2.0758	0.121	0.5685	0.9533	0.2404	3.1137	0.0666	-0.056	-0.1805	-0.0079	-0.2432	0.3082	0.3094	-0.5315	0.1766	0.2093	-0.0575	0.0185	0.2274	-0.0833	0.1457	-16.267	-14.08	-35.341
13	4.5015	-3.8404	0.6559	3.324	-0.2171	4.558	-0.0134	0.0231	-0.3007	0.0995	-0.1171	0.3024	0.4581	-0.6184	0.1304	0.2891	-0.1564	0.0702	0.2448	-0.0856	0.0973	-14.152	-14.943	-25.139
14	0.5329	0.6978	-0.5066	2.3868	0.5314	4.1964	0.0362	-0.0558	0.1676	-0.0975	-0.0703	0.1466	-0.3813	-0.1338	0.034	0.2147	0.01	0.0059	0.1447	-0.0718	0.156	-5.164	-1.194	-35.063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	196 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	256 - 336
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	337 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	354 - 382
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	31 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	91 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	128 - 220
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	221 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	337 - 352
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	353 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)