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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g4l | ||||||
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タイトル | 17beta-hydroxysteroid Dehydrogenase Type 14 Mutant Y253A in Complex With a Non-steroidal Inhibitor | ||||||
要素 | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor Complex mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.444 Å | ||||||
データ登録者 | Badran, M. / Klebe, G. / Heine, A. / Marchais-Oberwinkler, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2019 タイトル: Mutational and structural studies uncover crucial amino acids determining activity and stability of 17beta-HSD14 著者: Badran, M. / Bertoletti, N. / Keils, A. / Heine, A. / Klebe, G. / Marchais-Oberwinkler, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g4l.cif.gz | 110.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g4l.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g4l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6g4l_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6g4l_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6g4l_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6g4l_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5icmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28237.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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#4: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 5種, 224分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-F45 / [ | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 6000 50%w/v HEPES 0.1M DMSO 5% / PH範囲: 6.5 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 50078 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.055 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 20.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.53 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. unique obs: 7713 / CC1/2: 0.93 / Rrim(I) all: 0.537 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ICM 解像度: 1.444→46.207 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.444→46.207 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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