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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fwj | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylanisolvens in complex with alpha-Glc-1,3-(1,2-anhydro-carba-mannosamine) and alpha-1,2-mannobiose | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Glycosyl hydrolase family 71 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. ...Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, オーストラリア, スペイン, 7件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2020 タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis. 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. / Zhang, Y. / Millet, O. / Jimenez-Barbero, J. / Bennet, A.J. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Williams, S.J. #1: ジャーナル: ChemRxiv / 年: 2019 タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fwj.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fwj.ent.gz | 148.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fwj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6fwgC 6fwiC 6fwlC 6fwmC 6fwoC 6fwpC 6fwqC 5m17S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.4424526 / データの種類: diffraction image data 詳細: Diffraction images used to solve the structures published in the article "An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis" Metadata reference: 10.5281/zenodo.4424526 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43933.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア) 遺伝子: BXY_34140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6D1V7 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose |
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#5: 糖 | ChemComp-GLC / |
-非ポリマー , 3種, 383分子
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
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#4: 化合物 | ChemComp-E9K / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 M sodium acetate, pH 6.4 - 7.4 / PH範囲: 6.4 - 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→76.82 Å / Num. obs: 185423 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 12.71 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.346 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 7436 / CC1/2: 0.455 / Rpim(I) all: 0.601 / Rrim(I) all: 1.482 / % possible all: 80.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M17 解像度: 1.04→76.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.708 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.751 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.04→76.82 Å
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拘束条件 |
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