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- PDB-6fam: Structure of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fam
タイトルStructure of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-2-aminodeoxymannojirimycin
要素Glycosyl hydrolase family 71
キーワードHYDROLASE / complex / GH99
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-mannosidase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 99 / Glycosyl hydrolase family 99 / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / mannose-alpha-1,3-2-aminodeoxymannojirimycin / alpha-D-mannopyranose / Glycosyl hydrolase family 71
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Fernandes, P.Z. / Petricevic, M. / Sobala, L.F. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 3件
組織認可番号国
European Research Council322942 英国
Australian Research CouncilFT130100103 オーストラリア
Australian Research CouncilDP120101396 オーストラリア
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Exploration of Strategies for Mechanism-Based Inhibitor Design for Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanases.
著者: Fernandes, P.Z. / Petricevic, M. / Sobala, L. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年2月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_database_related / pdbx_related_exp_data_set
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3354
ポリマ－43,9341
非ポリマー4013
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.101, 108.101, 67.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-739-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 71


分子量: 43933.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)
遺伝子: BXY_34140 / プラスミド: pET-28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6D1V7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-G63 / mannose-alpha-1,3-2-aminodeoxymannojirimycin


分子量: 162.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 3M sodium acetate, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→76.44 Å / Num. obs: 143559 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 13.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.501 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6120 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 0.735 / Rrim(I) all: 1.682 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
DIALS1.6.3-g2108d754-releaseデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M17

5m17


解像度: 1.13→76.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 1.056 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14411 7133 5 %RANDOM
Rwork0.12222 ---
obs0.12332 136411 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.13→76.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 26 463 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.954687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02636993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9185460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36223.333171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50715542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0721524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2761.5991555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2691.5961553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6422.411973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6462.4131974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6111.7491817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.611.7491817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9952.5652661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.12820.114111
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.6419.0763990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.48336352
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.345303
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.36256359
LS精密化 シェル解像度: 1.13→1.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 444 -
Rwork0.261 8967 -
obs--88.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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