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- PDB-6frd: Crystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6frd
タイトルCrystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhibitor NPD-637
要素Phosphodiesteraseホスホジエステラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Parasitic phosphodiesterase / African trypanosomiasis (アフリカ睡眠病) / sleeping sickness (アフリカ睡眠病)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / axoneme / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cell morphogenesis / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3Q / ギ酸 / グアニジン / ホスホジエステラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Singh, A.K. / Brown, D.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhibitor NPD-637
著者: Singh, A.K. / Brown, D.G.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,38216
ポリマ－81,2472
非ポリマー1,13614
水3,405189
1
A: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0419
ポリマ－40,6231
非ポリマー4188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3417
ポリマ－40,6231
非ポリマー7176
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.980, 113.480, 68.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 587 - 916 / Label seq-ID: 29 - 358

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphodiesterase / ホスホジエステラーゼ


分子量: 40623.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 565-918
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PDEB1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WQX9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 203分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-E3Q / 1-cycloheptyl-3-{4-methoxy-3-[(2-methoxyphenyl)methoxy]phenyl}-4,4-dimethyl-4,5-dihydro- 1H-pyrazol-5-one


分子量: 450.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.4 M sodium formate, 0.3 M guanidine, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.74 Å / Num. obs: 40120 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2673 / Rpim(I) all: 0.402 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I15

4i15


解像度: 2.2→56.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.663 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20859 2011 5 %RANDOM
Rwork0.16896 ---
obs0.171 38109 95.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.65 Å20 Å2-1.77 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→56.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5246 0 71 189 5506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195421
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.9537327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0232.98611630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3535663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24524260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72315934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8721536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1553.752655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1563.7492654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8275.6123317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8275.6143318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8794.1582766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8784.1582767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0386.064011
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.68743.9956249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.6843.9936235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21806 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 130 -
Rwork0.304 2539 -
obs--86.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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