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万見
- PDB-6fki: Chloroplast F1Fo conformation 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fki
タイトルChloroplast F1Fo conformation 3
要素(ATP synthase ...ATP合成酵素) x 9
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ATP synthase (ATP合成酵素) / membrane protein complex (生体膜) / molecular motor (分子モーター)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / chloroplast thylakoid membrane / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / chloroplast thylakoid membrane / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit b' / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit b/b', bacterial/chloroplast / ATP synthase B/B' CF(0) / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily ...ATP synthase, F0 complex, subunit b' / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit b/b', bacterial/chloroplast / ATP synthase B/B' CF(0) / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP合成酵素 / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP synthase subunit beta, chloroplastic / ATP synthase epsilon chain, chloroplastic / ATP synthase gamma chain, chloroplastic / ATP synthase subunit alpha, chloroplastic / ATP synthase subunit a, chloroplastic / ATP synthase subunit b, chloroplastic / ATP synthase delta chain, chloroplastic / ATP synthase subunit b', chloroplastic / ATP synthase subunit c, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Hahn, A. / Vonck, J. / Mills, D.J. / Meier, T. / Kuehlbrandt, W.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure, mechanism, and regulation of the chloroplast ATP synthase.
著者: Alexander Hahn / Janet Vonck / Deryck J Mills / Thomas Meier / Werner Kühlbrandt /
要旨: The chloroplast adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the electrochemical proton gradient generated by photosynthesis to produce ATP, the energy currency of all cells. Protons conducted through ...The chloroplast adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the electrochemical proton gradient generated by photosynthesis to produce ATP, the energy currency of all cells. Protons conducted through the membrane-embedded F motor drive ATP synthesis in the F head by rotary catalysis. We determined the high-resolution structure of the complete cFF complex by cryo-electron microscopy, resolving side chains of all 26 protein subunits, the five nucleotides in the F head, and the proton pathway to and from the rotor ring. The flexible peripheral stalk redistributes differences in torsional energy across three unequal steps in the rotation cycle. Plant ATP synthase is autoinhibited by a β-hairpin redox switch in subunit γ that blocks rotation in the dark.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 2.22019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4272
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: ATP synthase subunit a, chloroplastic
b: ATP synthase subunit b, chloroplastic
d: ATP synthase delta chain, chloroplastic
p: ATP synthase subunit b', chloroplastic
e: ATP synthase epsilon chain, chloroplastic
g: ATP synthase gamma chain, chloroplastic
S: ATP synthase subunit c, chloroplastic
N: ATP synthase subunit c, chloroplastic
O: ATP synthase subunit c, chloroplastic
P: ATP synthase subunit c, chloroplastic
Q: ATP synthase subunit c, chloroplastic
R: ATP synthase subunit c, chloroplastic
M: ATP synthase subunit c, chloroplastic
T: ATP synthase subunit c, chloroplastic
G: ATP synthase subunit c, chloroplastic
H: ATP synthase subunit c, chloroplastic
L: ATP synthase subunit c, chloroplastic
K: ATP synthase subunit c, chloroplastic
J: ATP synthase subunit c, chloroplastic
I: ATP synthase subunit c, chloroplastic
E: ATP synthase subunit alpha, chloroplastic
F: ATP synthase subunit beta, chloroplastic
A: ATP synthase subunit alpha, chloroplastic
B: ATP synthase subunit beta, chloroplastic
C: ATP synthase subunit alpha, chloroplastic
D: ATP synthase subunit beta, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)597,23636
ポリマ－594,73826
非ポリマー2,49710
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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ATP synthase ... , 9種, 26分子 abdpegSNOPQRMTGHLKJIEACFBD

#1: タンパク質 ATP synthase subunit a, chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F0 sector subunit a / F-ATPase subunit IV


分子量: 27102.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06451
#2: タンパク質 ATP synthase subunit b, chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F(0) sector subunit b / ATPase subunit I


分子量: 21013.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06453
#3: タンパク質 ATP synthase delta chain, chloroplastic / F-ATPase delta chain


分子量: 27708.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P11402
#4: タンパク質 ATP synthase subunit b', chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F(0) sector subunit b' / ATPase subunit II


分子量: 24487.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P31853
#5: タンパク質 ATP synthase epsilon chain, chloroplastic / ATP synthase F1 sector epsilon subunit / F-ATPase epsilon subunit


分子量: 14715.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P00833
#6: タンパク質 ATP synthase gamma chain, chloroplastic / F-ATPase gamma subunit


分子量: 40119.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P05435
#7: タンパク質
ATP synthase subunit c, chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F(0) sector subunit c / ATPase subunit III / F-type ATPase subunit c / F-ATPase ...ATP synthase F(0) sector subunit c / ATPase subunit III / F-type ATPase subunit c / F-ATPase subunit c / Lipid-binding protein


分子量: 7977.366 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69447
#8: タンパク質 ATP synthase subunit alpha, chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F1 sector subunit alpha / F-ATPase subunit alpha


分子量: 55505.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06450, ATP合成酵素
#9: タンパク質 ATP synthase subunit beta, chloroplastic / ATP合成酵素 / ATP synthase F1 sector subunit beta / F-ATPase subunit beta


分子量: 53797.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P00825, ATP合成酵素

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非ポリマー , 3種, 10分子

#10: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloroplast ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.6 MDa
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPES1
22 mMMgCl21
30.5 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 132953 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 62 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 6254

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 1 Å / B: 1 Å / C: 1 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 670614
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14409 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: rigid body fit from structure build in complex in conformation 1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01727823
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.25137702
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.40217061
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0734438
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0084901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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