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- PDB-6fc6: Bik1 CAP-Gly domain with ETF peptide from Bim1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fc6
タイトルBik1 CAP-Gly domain with ETF peptide from Bim1
要素
  • Nuclear fusion protein BIK1
  • Protein BIM1
キーワードCELL CYCLE / +TIP / Bik1 / CAP-Gly / Bim1 / ETF / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / protein localization to microtubule / cell tip / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end ...protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / protein localization to microtubule / cell tip / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / microtubule nucleation / negative regulation of microtubule depolymerization / mating projection tip / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center / microtubule associated complex / spindle pole body / microtubule depolymerization / mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / spindle midzone / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / spindle / cell cortex / microtubule binding / cell division / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. ...EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear fusion protein BIK1 / Protein BIM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kumar, A. / Stangier, M.M. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
SystemsX.chRTD-TubeX スイス
Marie CurieCOFUND fellowship スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure-Function Relationship of the Bik1-Bim1 Complex.
著者: Stangier, M.M. / Kumar, A. / Chen, X. / Farcas, A.M. / Barral, Y. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear fusion protein BIK1
B: Protein BIM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6522
ポリマ－12,6522
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.566, 53.566, 62.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear fusion protein BIK1


分子量: 11357.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BIK1, YCL029C, YCL29C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P11709
#2: タンパク質・ペプチド Protein BIM1


分子量: 1294.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40013
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 1.0 M sodium citrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.55 Å / Num. obs: 8808 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.3 % / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Bik1 CAP-Gly domain (PDB ID: 6FC5)

6fc5


解像度: 1.8→40.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.768 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.129
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 881 10 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1894 7926 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.75 Å2 / Biso mean: 33.25 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数661 0 0 55 716
Biso mean---42.63 -
残基数----86
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.979902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04531508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.868584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.86924.48329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60415118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.383153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02158
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 65 -
Rwork0.37 580 -
all-645 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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