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- PDB-6evu: Adhesin domain of PrgB from Enterococcus faecalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evu
タイトルAdhesin domain of PrgB from Enterococcus faecalis
要素PrgB
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Adhesin / Biofilm formation
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Adhesin P1 N-terminal domain / KxYKxGKxW signal peptide ...Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Adhesin P1 N-terminal domain / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / PrgB
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Schmitt, A. / Berntsson, R.P.A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
KempestiftelsernaJCK-1524 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: PrgB promotes aggregation, biofilm formation, and conjugation through DNA binding and compaction.
著者: Schmitt, A. / Jiang, K. / Camacho, M.I. / Jonna, V.R. / Hofer, A. / Westerlund, F. / Christie, P.J. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2017年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3783
ポリマ－34,1611
非ポリマー2172
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.550, 60.550, 153.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-717-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PrgB


分子量: 34161.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: prgB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04112
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.5 0.12 M Ethylene Glycol 20% (v/v) Glycerol 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.975637 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975637 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→47.52 Å / Num. obs: 38693 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.83 % / Net I/σ(I): 28.98
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 16.2 % / Num. unique all: 6091 / CC1/2: 0.643 / Rrim(I) all: 1.627 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.598→47.516 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1935 5 %
Rwork0.19 --
obs0.1919 38685 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.95 Å2 / Biso mean: 44.7016 Å2 / Biso min: 18.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.598→47.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 13 199 2609
Biso mean--35.12 44.9 -
残基数----313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3033329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1942012
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5982-1.63820.36691340.32322547268199
1.6382-1.68250.32871360.283625842720100
1.6825-1.7320.32231360.26925782714100
1.732-1.78790.31211350.260425622697100
1.7879-1.85180.27781360.248225842720100
1.8518-1.92590.29541350.240725722707100
1.9259-2.01360.26761380.225126212759100
2.0136-2.11970.27141360.213525852721100
2.1197-2.25250.25971390.212726422781100
2.2525-2.42650.26991380.212526172755100
2.4265-2.67060.28761380.207226342772100
2.6706-3.0570.23781400.199226622802100
3.057-3.85120.20311420.168526982840100
3.8512-47.53690.17021520.153428643016100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16130.0918-0.15910.0458-0.1230.25480.4036-0.9739-0.79760.8750.23560.72370.117-0.56620.10990.95760.10390.01411.24760.25750.9602-19.916146.7647-15.988
21.16160.6375-0.0242.4159-1.16780.6429-0.33980.5916-0.3754-0.99670.0991-0.60320.45640.0347-0.3030.42240.03440.12150.3333-0.04180.36766.067826.7918-15.07
33.54151.7197-1.42553.0709-0.67362.1364-0.09210.0622-0.3054-0.2471-0.0202-0.1971-0.0015-0.02860.00650.23970.02940.03650.1963-0.04020.2234-3.051922.6514-3.2624
40.20890.2197-0.33971.5561-0.04080.95040.11280.5370.3403-0.54610.15420.4249-0.3492-0.46510.23420.42340.0662-0.06680.44430.09130.3341-13.284132.069-13.2203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 246 through 265 )A246 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 266 through 290 )A266 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 291 through 453 )A291 - 453
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 454 through 558 )A454 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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