+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6etk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Atomic resolution structure of RNase A (data collection 1) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreaticPancreatic ribonuclease family | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Raman microspectroscopy (ラマン分光法) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / atomic resolution / radiation damage / photodamage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å | ||||||
データ登録者 | Caterino, M. / Vergara, A. / Merlino, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018 タイトル: Raman-markers of X-ray radiation damage of proteins. 著者: Vergara, A. / Caterino, M. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6etk.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6etk.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6etk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.3 詳細: Free-interface diffusion of a 10 uL of 30 mg ml-1 protein solution, 20 mM sodium citrate at pH 5.3 agaist 10 ul isopropanol 99.9% isopropanol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7749 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.85→50 Å / Num. obs: 92774 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 0.85→0.88 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KF3 解像度: 0.85→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.85→50 Å
|