+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6.0E+83 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of ZZZ3 ZZ domain in complex with histone H3 tail | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / ZZZ3 / ZZ domain / histone (ヒストン) / chromatin (クロマチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATAC complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / histone reader activity ...ATAC complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / histone reader activity / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Kutateladze, T.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: The ZZ-type zinc finger of ZZZ3 modulates the ATAC complex-mediated histone acetylation and gene activation. 著者: Mi, W. / Zhang, Y. / Lyu, J. / Wang, X. / Tong, Q. / Peng, D. / Xue, Y. / Tencer, A.H. / Wen, H. / Li, W. / Kutateladze, T.G. / Shi, X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e83.cif.gz | 454.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6e83.ent.gz | 380 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e83 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6e86C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7279.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZZZ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYH5 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1308.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 0.1 M / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |