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万見
- PDB-5h3i: Crystal Structure of Oryza sativa Acyl-CoA-Binding Protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h3i
タイトルCrystal Structure of Oryza sativa Acyl-CoA-Binding Protein 2
要素Putative Acyl-CoA-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Acyl-CoA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / fatty acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Acyl-CoA-binding domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Kong, G.K.W. / Guo, Z.-H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University of Hong Kong 香港
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: The first plant acyl-CoA-binding protein structures: the close homologues OsACBP1 and OsACBP2 from rice
著者: Guo, Z.-H. / Chan, W.H.Y. / Kong, G.K.W. / Hao, Q. / Chye, M.-L.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Acyl-CoA-binding protein
B: Putative Acyl-CoA-binding protein
C: Putative Acyl-CoA-binding protein
D: Putative Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5289
ポリマ－42,9964
非ポリマー5325
水6,161342
1
A: Putative Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8672
ポリマ－10,7491
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
2
B: Putative Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0454
ポリマ－10,7491
非ポリマー2953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
3
C: Putative Acyl-CoA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7491
ポリマ－10,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6080 Å2
手法PISA
4
D: Putative Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8672
ポリマ－10,7491
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.570, 145.050, 25.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-243-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Putative Acyl-CoA-binding protein / Acyl-CoA-Binding Protein 2 / Os06g0115300 protein / cDNA clone:001-004-B07 / full insert sequence


分子量: 10749.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: OSJNBa0019F11.14, P0541H01.36, Os06g0115300, OsJ_19900
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VRM0
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.10 M MgCl2, 26%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.6 Å / Num. obs: 18120 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.84 % / Biso Wilson estimate: 31.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6.76 % / Rmerge(I) obs: 1.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 58.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ収集
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DLN

5dln
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.302→41.324 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 706 5.01 %
Rwork0.2227 --
obs0.2244 14101 79.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→41.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2907 0 36 342 3285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3874051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2991812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3016-2.47930.2883800.25081364X-RAY DIFFRACTION42
2.4793-2.72880.31251350.28592257X-RAY DIFFRACTION69
2.7288-3.12350.27551750.25213316X-RAY DIFFRACTION100
3.1235-3.93480.24871440.19832881X-RAY DIFFRACTION85
3.9348-41.33050.22091720.20153577X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3925-1.2731-1.17056.03750.60231.0540.1360.27040.3851-0.37210.2461-1.1039-0.39240.1544-0.35470.375-0.08610.04130.3851-0.12760.3021-6.32832.9710.607
23.0725-0.45510.61512.4330.15432.09430.4445-0.1746-0.13640.21950.1085-0.46820.22780.2113-0.34560.1411-0.0087-0.05720.2019-0.06820.242-11.263720.710211.4759
33.89771.0408-0.19445.5137-0.04011.9716-0.11920.0363-0.5585-0.3992-0.0002-0.64060.40730.04230.16360.2194-0.03040.06340.21260.01920.1954-19.575315.82293.7126
44.8769-0.23611.34544.2733-0.24415.8167-0.1837-0.305-0.24490.32830.1884-0.4884-0.48070.51120.07520.1642-0.0025-0.00690.1744-0.010.19-11.29828.616618.6176
50.4471-0.59630.1990.7870.86262.5157-0.16270.32930.146-0.3063-0.09591.39451.1215-1.15620.31620.03-0.02020.06860.4767-0.06970.7614-42.428-6.609-2.5284
61.73110.3003-0.00383.5870.46832.26590.16520.10810.37890.3936-0.32290.7926-0.0584-0.41680.18120.1638-0.0112-0.00380.2219-0.00130.4162-38.01178.083-0.4723
73.09580.0839-0.9565.32121.04511.29560.03590.0350.6775-1.06350.190.7879-0.12910.0256-0.11950.3507-0.0171-0.10840.2206-0.00480.2466-29.934612.0079-8.8392
86.1123-0.7626-1.18044.40910.39843.8797-0.5673-0.4869-0.09070.83860.18350.49290.7202-0.21710.33970.2256-0.01180.06760.16360.00410.2346-37.8621-0.61365.5712
93.93222.77410.22274.4851-0.53643.3157-0.0829-0.94710.71360.63660.00650.4885-0.93630.0880.06080.37890.1475-0.02450.29370.07380.2284-34.685448.556911.3405
104.2726-0.1822-0.73234.49710.10964.05230.1286-0.2276-0.2219-0.20880.04840.74140.0777-0.4606-0.19050.19820.0057-0.04640.17720.0850.2362-38.54233.240716.2575
110.7904-0.08380.2391.5853-0.35653.18670.13960.0206-0.19060.2069-0.03850.3456-0.1101-0.2454-0.12810.1810.0066-0.03070.14450.02440.206-30.739228.563423.4254
124.70631.7291-1.98665.9867-0.10662.85050.12610.71480.2762-0.5137-0.07970.68970.337-0.1209-0.08520.22270.0356-0.05370.24030.00930.1618-37.2537.83987.3273
138.79343.72231.08034.34660.72143.34440.29280.0317-0.80120.3807-0.0849-0.40340.59760.0899-0.25960.23730.088-0.01890.1855-0.04930.2156-14.8886-21.1433-1.3392
146.470.8775-0.06363.2845-0.02123.15410.0126-0.08240.2329-0.23360.035-0.6144-0.03320.4523-0.0930.16950.01510.03090.2042-0.04220.2345-10.9543-6.13373.5973
153.4851-0.8856-0.26423.48770.14772.78810.0757-0.44650.6102-0.0459-0.1867-0.46170.05590.00070.08640.1795-0.01410.00630.12150.01020.1599-19.5323-1.325911.0223
167.8241-0.3014-2.08773.61560.13224.22730.50480.7005-0.0159-0.4212-0.484-0.9247-0.47770.15570.01720.19880.03060.070.1730.00520.3243-11.0144-10.6981-5.5374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:16 )A2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 17:38 )A17 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 39:67 )A39 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 68:91 )A68 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:16 )B2 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 17:38 )B17 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 39:67 )B39 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 68:90 )B68 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID -3:16 )C-3 - 16
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 17:38 )C17 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 39:67 )C39 - 67
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 68:88 )C68 - 88
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID -3:16 )D-3 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 17:38 )D17 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 39:67 )D39 - 67
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 68:90 )D68 - 90

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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