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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e6y | ||||||
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タイトル | Dieckmann cyclase, NcmC | ||||||
要素 | Dieckmann cyclase, NcmC | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Dieckmann cyclase / off-loading / Dieckmann condensation (ディークマン縮合) | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold / NcmC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharothrix syringae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cogan, D.P. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural Basis for Enzymatic Off-Loading of Hybrid Polyketides by Dieckmann Condensation. 著者: Cogan, D.P. / Ly, J. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e6y.cif.gz | 121.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e6y.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28814.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharothrix syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1X9WEN9 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 1.9% (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.0, 3 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97858 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97858 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→80.43 Å / Num. obs: 64619 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 5773 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→80.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.263 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→80.43 Å
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拘束条件 |
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