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万見
- PDB-6e2o: ASK1 kinase domain complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e2o
タイトルASK1 kinase domain complex with inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / protein kinase (プロテインキナーゼ) / inhibitor complex (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / p38MAPK cascade / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / cellular response to hydrogen peroxide / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / neuron apoptotic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S0L / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.389 Å
データ登録者Lansdon, E.B.
引用ジャーナル: J. Clin. Invest. / 年: 2018
タイトル: ASK1 contributes to fibrosis and dysfunction in models of kidney disease.
著者: Liles, J.T. / Corkey, B.K. / Notte, G.T. / Budas, G.R. / Lansdon, E.B. / Hinojosa-Kirschenbaum, F. / Badal, S.S. / Lee, M. / Schultz, B.E. / Wise, S. / Pendem, S. / Graupe, M. / Castonguay, L. ...著者: Liles, J.T. / Corkey, B.K. / Notte, G.T. / Budas, G.R. / Lansdon, E.B. / Hinojosa-Kirschenbaum, F. / Badal, S.S. / Lee, M. / Schultz, B.E. / Wise, S. / Pendem, S. / Graupe, M. / Castonguay, L. / Koch, K.A. / Wong, M.H. / Papalia, G.A. / French, D.M. / Sullivan, T. / Huntzicker, E.G. / Ma, F.Y. / Nikolic-Paterson, D.J. / Altuhaifi, T. / Yang, H. / Fogo, A.B. / Breckenridge, D.G.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2304
ポリマ－66,4072
非ポリマー8232
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.632, 106.637, 156.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1131-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5


分子量: 33203.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99683, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-S0L / 4-(4-cyclopropyl-1H-imidazol-1-yl)-N-[3-(4-cyclopropyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl]pyridine-2-carboxamide


分子量: 411.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C23H21N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG 400, 3% PPE 400, 100mM Bis-Tris pH 7.5, 10mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 61441 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1990 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.389→46.856 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 1996 7.58 %
Rwork0.2126 --
obs0.2168 26343 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.389→46.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4076 0 62 69 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1245717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7812551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3886-2.44840.38091300.28871587X-RAY DIFFRACTION89
2.4484-2.51460.36611350.26941648X-RAY DIFFRACTION94
2.5146-2.58850.30571380.24471688X-RAY DIFFRACTION96
2.5885-2.67210.29951400.23031702X-RAY DIFFRACTION96
2.6721-2.76760.331410.23191729X-RAY DIFFRACTION97
2.7676-2.87840.31121410.23141724X-RAY DIFFRACTION97
2.8784-3.00940.30721430.23441743X-RAY DIFFRACTION97
3.0094-3.1680.32151420.24261730X-RAY DIFFRACTION98
3.168-3.36640.30021450.23131761X-RAY DIFFRACTION98
3.3664-3.62620.28791460.21991781X-RAY DIFFRACTION99
3.6262-3.9910.23431460.20331785X-RAY DIFFRACTION99
3.991-4.56810.23321470.17691777X-RAY DIFFRACTION98
4.5681-5.75360.25771480.19791811X-RAY DIFFRACTION98
5.7536-46.86460.21821540.20021881X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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