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万見
- PDB-6e25: NMR solution structure of the CARD9 CARD bound to zinc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+25
タイトルNMR solution structure of the CARD9 CARD bound to zinc
要素Caspase recruitment domain-containing protein 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / CARD / innate immunity (自然免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / antifungal innate immune response / response to peptidoglycan / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of innate immune response ...regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / antifungal innate immune response / response to peptidoglycan / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of innate immune response / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of macrophage cytokine production / response to aldosterone / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / response to muramyl dipeptide / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of cytokine production / positive regulation of JNK cascade / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of interleukin-6 production / : / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of apoptotic process / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CARD9, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Holliday, M.J. / Dueber, E.C. / Fairbrother, W.J.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Picomolar zinc binding modulates formation of Bcl10-nucleating assemblies of the caspase recruitment domain (CARD) of CARD9.
著者: Michael J Holliday / Ryan Ferrao / Gladys de Leon Boenig / Alberto Estevez / Elizabeth Helgason / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
要旨: The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse ...The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse pathogens. This signaling pathway requires a critical caspase recruitment domain (CARD)-CARD interaction between CARD9 and Bcl10 that promotes downstream activation of factors, including NF-κB and the mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38. Despite these insights, CARD9 remains structurally uncharacterized, and little mechanistic understanding of its regulation exists. We unexpectedly found here that the CARD in CARD9 binds to Zn with picomolar affinity-a concentration comparable with the levels of readily accessible Zn in the cytosol. NMR solution structures of the CARD9-CARD in the apo and Zn-bound states revealed that Zn has little effect on the ground-state structure of the CARD; yet the stability of the domain increased considerably upon Zn binding, with a concomitant reduction in conformational flexibility. Moreover, Zn binding inhibited polymerization of the CARD9-CARD into helical assemblies. Here, we also present a 20-Å resolution negative-stain EM (NS-EM) structure of these filamentous assemblies and show that they adopt a similar helical symmetry as reported previously for filaments of the Bcl10 CARD. Using both bulk assays and direct NS-EM visualization, we further show that the CARD9-CARD assemblies can directly template and thereby nucleate Bcl10 polymerization, a capacity considered critical to propagation of the CARD9-Bcl10 signaling cascade. Our findings indicate that CARD9 is a potential target of Zn-mediated signaling that affects Bcl10 polymerization in innate immune responses.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3302
ポリマ－11,2651
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area6210 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Caspase recruitment domain-containing protein 9 / hCARD9


分子量: 11264.877 Da / 分子数: 1 / 断片: CARD domain residues 1-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H257
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCA
1131isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D H(CCO)NH
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
193isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
183isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
162isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.40 mM [U-13C; U-15N] CARD9 CARD, 0.46 mM zinc, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.40 mM [U-13C; U-15N] CARD9 CARD, 0.46 mM zinc, 100% D2O13C15N_D2O_sample100% D2O
solution20.40 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] CARD9 CARD, 0.46 mM zinc, 50% H2O/50% D2O[10%]13C[U]15N_sample50% H2O/50% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.40 mMCARD9 CARD[U-13C; U-15N]1
0.46 mMzincnone1
0.40 mMCARD9 CARD[U-13C; U-15N]3
0.46 mMzincnone3
0.40 mMCARD9 CARD[U-10% 13C; U-100% 15N]2
0.46 mMzincnone2
試料状態詳細: 50 mM HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.0 / イオン強度: 350 M / Label: Condition 1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
Analysis2.4.2CCPNpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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