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- PDB-6e1n: Structure of AtTPC1(DDE) in state 1 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6e1n
タイトルStructure of AtTPC1(DDE) in state 1
構成要素Two pore calcium channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Two-pore channel / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性EF-hand domain / Stimuli-sensing channels / EF-hand calcium-binding domain profile. / Ion transport protein / Two pore calcium channel protein 1 / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand domain pair / Ion transport domain / regulation of jasmonic acid biosynthetic process / plant-type vacuole ...EF-hand domain / Stimuli-sensing channels / EF-hand calcium-binding domain profile. / Ion transport protein / Two pore calcium channel protein 1 / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand domain pair / Ion transport domain / regulation of jasmonic acid biosynthetic process / plant-type vacuole / 発芽 / regulation of stomatal movement / vacuolar membrane / 液胞 / voltage-gated calcium channel activity / regulation of ion transmembrane transport / calcium ion transport / calcium-mediated signaling / calcium ion binding / ゴルジ体 / integral component of membrane / identical protein binding / 細胞膜 / Two pore calcium channel protein 1
機能・相同性情報
試料の由来Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.7 Å 分解能
データ登録者Kintzer, A.F. / Green, E.M. / Cheng, Y. / Stroud, R.M.
資金援助米国 , 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM24485米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM098672米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2018
タイトル: Structural basis for activation of voltage sensor domains in an ion channel TPC1.
著者: Alexander F Kintzer / Evan M Green / Pawel K Dominik / Michael Bridges / Jean-Paul Armache / Dawid Deneka / Sangwoo S Kim / Wayne Hubbell / Anthony A Kossiakoff / Yifan Cheng / Robert M Stroud
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年7月10日 / 公開: 2018年9月19日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年9月19日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年10月3日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8958
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 1
B: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,84826
ポリマ-169,0942
非ポリマ-5,75324
362
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1


分子量: 84547.203 Da / 分子数: 2 / 変異: N240D, N454D, Q528E
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / : Ca / カルシウム
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 16 / : C16H32O2 / パルミチン酸
#4: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / : C39H77O8P / Phosphatidic acid
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AtTPC1(DDE) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.3
試料濃度: 0.8 mg/ml / 詳細: Sample reconstituted into saposin A. / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 20 kelvins

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 31000 / 倍率(補正後の値): 41132 / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り系: 70 microns / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN
撮影平均照射時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3408
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 2-60

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEMimage acquisition
4GctfCTF correction
5RELIONCTF correction
10PHENIX1.13-2998model refinement
11RELION2.1.0initial Euler assignment
12RELION2.1.0final Euler assignment
14RELION2.1.03D reconstruction
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 996035
対称性点対称性: C2
3次元再構成分解能: 3.7 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44353 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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