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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dzi | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Mycobacterium smegmatis 70S C(minus) ribosome 70S-MPY complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Hibernation factor complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sharma, M.R. / Li, Y. / Korripella, R. / Yang, Y. / Kaushal, P.S. / Lin, Q. / Wade, J.T. / Gray, A.G. / Derbyshire, K.M. / Agrawal, R.K. / Ojha, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Zinc depletion induces ribosome hibernation in mycobacteria. 著者: Yunlong Li / Manjuli R Sharma / Ravi K Koripella / Yong Yang / Prem S Kaushal / Qishan Lin / Joseph T Wade / Todd A Gray / Keith M Derbyshire / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha / 要旨: Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc ...Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc homeostasis are unknown. Here, we show that the C- ribosome in is the exclusive target of a bacterial protein Y homolog, referred to as mycobacterial-specific protein Y (MPY), which binds to the decoding region of the 30S subunit, thereby inactivating the ribosome. MPY binding is dependent on another mycobacterial protein, MPY recruitment factor (MRF), which is induced on zinc depletion, and interacts with C- ribosomes. MPY binding confers structural stability to C- ribosomes, promoting survival of growth-arrested cells under zinc-limiting conditions. Binding of MPY also has direct influence on the dynamics of aminoglycoside-binding pockets of the C- ribosome to inhibit binding of these antibiotics. Together, our data suggest that zinc limitation leads to ribosome hibernation and aminoglycoside resistance in mycobacteria. Furthermore, our observation of the expression of the proteins of C- ribosomes in in a mouse model of infection suggests that ribosome hibernation could be relevant in our understanding of persistence and drug tolerance of the pathogen encountered during chemotherapy of TB. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR | ||||||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dzi.cif.gz | 3.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dzi.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6dzi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dzi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dzi_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6dzi_validation.xml.gz | 213.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dzi_validation.cif.gz | 385.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8932MC 8934C 8937C 6dzkC 6dzpC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.2210/pdb5O61/pdb / データの種類: other data / Metadata reference: 10.1016/j.celrep.2017.06.029 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 hAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 490111.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 16 S RNA 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
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#23: RNA鎖 | 分子量: 1011834.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
#24: RNA鎖 | 分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 j3
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4033.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
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#56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2710.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTP4 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 klmnpq4stuvxz5678r9
#3: タンパク質 | 分子量: 23617.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD7 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 23284.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 18481.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0D6J3X3 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17529.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS97 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14361.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14093.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11252.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD0 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12151.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL6 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13678.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS96 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13374.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10236.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVQ3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 12635.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV37 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10680.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSE0 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9379.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD5 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9424.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R102 |
#19: タンパク質 | 分子量: 25576.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVB8 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9449.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R549 |
#22: タンパク質 | 分子量: 11661.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R550 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 Y
#21: タンパク質 | 分子量: 12238.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTK6 |
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+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZabcdefgy
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S-MPY complex / タイプ: RIBOSOME 詳細: Mycobacterium smegmatis ribosome (Cminus) 70S-MPY complex Entity ID: #1-#53, #55-#56 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 67.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 205510 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66840 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |