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- PDB-6dyt: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dyt
タイトルCitrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-alanine
要素Tyrosine phenol-lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / pyridoxal-5'-phosphate (ピリドキサールリン酸) / aminotransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F0G / : / ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Craig, S.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9087
ポリマ－102,8652
非ポリマー1,0435
水11,223623
1
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,81714
ポリマ－205,7314
非ポリマー2,08610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area20220 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area56920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.640, 133.270, 145.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...
21(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNMETMET(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA2 - 652 - 65
12GLYGLYALAALA(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA67 - 21567 - 215
13ARGARGGLUGLU(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA217 - 273217 - 273
14PHEPHETYRTYR(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA275 - 285275 - 285
15ASNASNILEILE(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA2 - 4562 - 456
16PROPROILEILE(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA289 - 384289 - 384
17ALAALAGLNGLN(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA386 - 429386 - 429
18LYSLYSILEILE(chain A and (resid 2 through 65 or resid 67...AA431 - 456431 - 456
21ASNASNMETMET(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB2 - 652 - 65
22GLYGLYALAALA(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB67 - 21567 - 215
23ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB217 - 273217 - 273
24PHEPHETYRTYR(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB275 - 285275 - 285
25GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB287287
26PROPROILEILE(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB289 - 384289 - 384
27ALAALAGLNGLN(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB386 - 429386 - 429
28LYSLYSILEILE(chain B and (resid 2 through 65 or resid 67...BB431 - 456431 - 456

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine phenol-lyase / / Beta-tyrosinase


分子量: 51432.660 Da / 分子数: 2 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

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非ポリマー , 5種, 628分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-F0G / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine / PLP-Ala / L-アラニンアルジミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 318.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P
#4: 化合物 ChemComp-PP3 / ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / VITAMIN B6 COMPLEXED WITH ALANINE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8, 1 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→37.893 Å / Num. obs: 73005 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.016 % / Biso Wilson estimate: 56.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 7.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.1235.233.5510.4246210.1863.86199.6
2.123-2.275.21.9551.0245110.3422.1899.6
2.27-2.335.1361.6141.2843870.4141.80299.7
2.33-2.45.0381.2951.6742890.5741.44799.2
2.4-2.484.8871.1671.941380.6581.30998.9
2.48-2.574.3440.8192.4639820.7550.93299.2
2.57-2.675.0920.6893.238790.8360.76999.6
2.67-2.785.4430.5444.2237350.9060.60399.5
2.78-2.95.4140.3955.3935910.9440.43799.3
2.9-3.045.3860.2877.0134330.9580.31999
3.04-3.215.3030.2018.9232510.9750.22498.9
3.21-3.45.1720.14611.330750.9870.16398.4
3.4-3.635.0330.10613.6728890.9880.11898.2
3.63-3.934.5620.08715.8426820.9920.09897.2
3.93-4.34.6540.06918.6625090.9930.07898
4.3-4.814.0760.06618.9722020.990.07495.8
4.81-5.554.560.05820.6220220.9950.06698.3
5.55-6.85.120.0522.1617560.9960.05699.1
6.8-9.6250.04122.9713750.9970.04698.7
9.62-37.8934.5930.03722.067860.9980.04293.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLF

2vlf


解像度: 2.05→37.893 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1997 2.74 %
Rwork0.1865 --
obs0.1877 72872 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 217 Å2 / Biso mean: 80.095 Å2 / Biso min: 36.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→37.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7196 0 66 623 7885
Biso mean--80.93 82.41 -
残基数----910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4138X-RAY DIFFRACTION6.964TORSIONAL
12B4138X-RAY DIFFRACTION6.964TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10120.37321440.37734943508799
2.1012-2.1580.42551440.358750185162100
2.158-2.22150.37661350.35550215156100
2.2215-2.29320.38331350.341650845219100
2.2932-2.37520.34991470.312250305177100
2.3752-2.47030.34521420.292150195161100
2.4703-2.58270.27581470.25215009515699
2.5827-2.71880.25981320.230750745206100
2.7188-2.88910.20081420.203950565198100
2.8891-3.11210.24791550.191250845239100
3.1121-3.42510.2551360.187150895225100
3.4251-3.92020.21821460.16425124527099
3.9202-4.93740.19981400.13794937507795
4.9374-37.89990.1961520.161153875539100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5651-1.3992-0.04785.4196-2.74822.83510.00730.53850.2657-0.13470.55960.79470.0297-1.3341-0.39480.51420.0113-0.07140.9440.11990.5039-17.7618-53.7431-17.4761
25.19084.71521.33476.7406-1.27978.05680.3277-0.583-0.34660.3361-0.5475-0.6953-0.43190.69680.17610.39430.0596-0.0020.46210.0020.48794.7213-55.19322.1478
31.32750.06460.54144.3872-3.41265.7970.09360.17490.53290.31930.01730.4344-1.17310.0434-0.12450.8789-0.0575-0.00510.55580.0560.7254-0.4471-30.8619-7.9955
43.18130.53970.26363.88822.58914.12560.01460.2290.4976-0.1674-0.0499-0.3274-0.65330.37890.05070.676-0.1373-0.04620.55840.19520.57187.3437-32.5705-18.3773
54.96370.0618-2.32593.71860.43234.75930.214-0.04780.40210.1063-0.0767-0.4281-0.92470.7795-0.12420.6109-0.0594-0.0630.60340.12870.52728.0152-41.9208-6.6374
62.18260.3024-1.65632.017-0.98695.47530.16750.51260.6419-0.19590.15010.4114-0.9635-0.7908-0.03370.62850.0848-0.01290.48520.13470.608-9.5696-43.4715-20.0732
74.6542-2.8684-4.22857.943.0756.45490.08710.82770.82840.23090.55491.2919-0.8972-2.0558-0.30250.86460.33280.07231.19460.36251.0747-22.398-41.0857-23.8097
83.68590.88341.49542.48411.19723.4218-0.0102-0.16640.08690.21520.2535-0.4531-0.16180.767-0.25810.47260.01160.03380.6265-0.06570.392.3116-59.609420.034
92.2735-0.4407-0.96643.48022.39813.6920.1364-0.18290.61170.2099-0.03670.0628-0.675-0.1307-0.05570.72240.07040.02190.5837-0.01150.6947-17.1519-41.601110.3505
102.5897-0.16170.10763.2514-3.68114.6418-0.1505-0.72870.87480.6743-0.0008-0.0113-1.1321-0.39610.12680.98780.12520.17870.8297-0.33210.888-23.2675-34.710127.0256
114.1082-1.7624-0.13418.0865-0.57834.19690.2505-0.28650.41680.51390.00790.7472-0.4694-1.0096-0.28870.54690.070.12260.8582-0.1720.6815-26.5487-47.950622.5767
121.2037-0.0819-0.21111.238-0.51064.1841-0.0104-0.00870.3896-0.0964-0.12230.2105-0.4362-0.56220.08210.46530.03880.03630.5339-0.0530.5368-17.1956-49.218111.546
136.44364.48331.95274.78760.13342.70090.3259-0.80060.78480.454-0.29720.1221-0.54950.1104-0.03580.786-0.06230.07250.8595-0.19540.5926-0.3268-46.699236.4459
143.62240.9055-0.20522.68170.53153.2748-0.112-0.45850.6516-0.12470.10080.0893-1.14280.77510.02420.6999-0.16950.01540.5301-0.12290.44452.0443-45.354426.8794
157.77716.5922-2.45289.1251-1.53757.51370.0838-0.6520.0295-0.06530.001-0.8716-0.68231.1847-0.14780.60070.00860.02840.7033-0.17920.58988.3571-49.600929.9547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 57 )A2 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 88 )A58 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 146 )A89 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 147 through 228 )A147 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 229 through 285 )A229 - 285
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 286 through 413 )A286 - 413
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 414 through 456 )A414 - 456
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 57 )B2 - 57
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 58 through 146 )B58 - 146
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 147 through 207 )B147 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 208 through 247 )B208 - 247
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 248 through 331 )B248 - 331
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 332 through 361 )B332 - 361
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 362 through 413 )B362 - 413
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 414 through 456 )B414 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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