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- PDB-6dld: Crystal structure of IgLON5/NEGR1 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dld
タイトルCrystal structure of IgLON5/NEGR1 heterodimer
要素
  • IgLON family member 5
  • Neuronal growth regulator 1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Ig / Complex / heterodimer / cell surface (細胞膜) / neuronal (神経細胞)
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / feeding behavior / regulation of synapse assembly / locomotory behavior / brain development / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / neuron projection development / 樹状突起 / neuronal cell body ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / feeding behavior / regulation of synapse assembly / locomotory behavior / brain development / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / neuron projection development / 樹状突起 / neuronal cell body / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. ...抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IgLON family member 5 / Neuronal growth regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ranaivoson, F.M. / Turk, L.S. / Ozkan, E. / Montelione, G.T. / Comoletti, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1450895 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure of a heterodimer of neuronal cell surface proteins
著者: Ranaivoson, F.M. / Turk, L.S. / Ozkan, E. / Montelione, G.T. / Comoletti, D.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgLON family member 5
B: Neuronal growth regulator 1
C: IgLON family member 5
D: Neuronal growth regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,94620
ポリマ－133,8804
非ポリマー4,06716
水0
1
A: IgLON family member 5
B: Neuronal growth regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,23710
ポリマ－66,9402
非ポリマー2,2978
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area30030 Å2
手法PISA
2
C: IgLON family member 5
D: Neuronal growth regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,70910
ポリマ－66,9402
非ポリマー1,7708
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.341, 305.799, 60.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 IgLON family member 5


分子量: 33543.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLON5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6NGN9
#2: タンパク質 Neuronal growth regulator 1 / IgLON family member 4


分子量: 33396.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEGR1, IGLON4, UNQ2433/PRO4993 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3B1
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES-NaOH pH6.5, MgSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.6 Å / Num. obs: 31695 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.92
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Num. unique all: 4988 / CC1/2: 0.397

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9


解像度: 3.3→48.596 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.68
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2859 1579 5.01 %Random
Rwork0.2449 ---
obs0.247 31534 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7596 0 260 0 7856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56911071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4554742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3002-3.40670.40691330.372522X-RAY DIFFRACTION92
3.4067-3.52840.37031460.33182757X-RAY DIFFRACTION100
3.5284-3.66970.35881430.3172716X-RAY DIFFRACTION100
3.6697-3.83660.34141440.29062741X-RAY DIFFRACTION100
3.8366-4.03880.31441450.25372757X-RAY DIFFRACTION100
4.0388-4.29170.27761470.22682775X-RAY DIFFRACTION100
4.2917-4.62280.2531440.20512745X-RAY DIFFRACTION100
4.6228-5.08760.25111430.19742707X-RAY DIFFRACTION100
5.0876-5.82270.27931430.2152743X-RAY DIFFRACTION100
5.8227-7.3320.28161460.27532753X-RAY DIFFRACTION100
7.332-48.60080.25891450.22912739X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.92071.4573.66581.6826-1.94527.9099-0.2525-0.5128-0.54950.2977-0.3427-0.1583-0.38730.34920.71520.6160.02940.05740.4464-0.00021.006123.3683-43.180910.8425
29.06431.0127-2.42447.46634.3489.00750.2097-0.20480.2470.2403-0.3449-0.08-0.096-0.43580.22760.45710.0138-0.07920.63240.16310.676813.6412-47.87677.3393
37.4869-0.43463.76514.15832.8224.3542-0.01420.4743-0.3458-0.11890.6282-0.69720.79380.5099-0.49110.4883-0.07090.01911.065-0.1080.76647.32-42.920838.4137
45.6818-2.55930.8716.13981.34940.7228-0.453-0.25042.3062-1.1294-0.80050.1206-1.4892-0.82310.80121.15070.0077-0.39341.63770.11110.941341.6143-36.230431.6736
58.04591.79376.65650.40830.60997.2224-0.92-0.6740.7262-0.38290.2297-0.0923-1.3151-0.340.57240.88860.1519-0.0410.5866-0.04070.708366.1646-28.342364.8672
62.2041-0.563-1.52664.9458-1.17291.6768-0.4415-2.57480.62880.3333-0.3828-0.8381-0.601-0.77040.71251.05270.0989-0.18461.0135-0.41880.676173.2729-29.74971.4658
73.98680.72920.66136.362.23783.2859-0.0436-0.5244-1.22611.67250.64480.05881.5141-0.0075-1.08550.739-0.046-0.38930.82850.20931.16469.2758-73.1410.3583
82.7384-2.01170.51285.71742.33196.42590.3730.2366-0.17220.25430.7618-0.34811.19830.1118-0.92370.617-0.0091-0.35540.81350.05941.08689.4984-66.41146.1954
91.94130.7197-1.58547.12831.32393.06890.0552-0.3196-0.7848-2.11070.1003-0.5215-0.1739-0.0846-0.04661.57540.4094-0.31071.0478-0.25291.467935.2976-94.1901-9.8838
102.08390.3185-0.08973.45623.38883.32510.0764-1.9324-0.95670.5672-0.2777-2.451-1.3619-0.6420.19391.18810.408-0.3091.04360.27091.46236.943-102.902-1.7504
112.74731.0123-1.22860.75250.5893.4746-0.2335-0.62961.1731-1.316-0.3618-0.403-0.0616-0.5676-0.4312.06471.0492-0.58430.5019-0.29882.24944.4321-104.9102-8.9211
122.759-0.339-0.29742.53050.44483.3893-0.32380.153-0.0997-0.4073-0.1275-0.8621.0617-0.76370.00831.3660.1636-0.21310.6463-0.32811.787833.8252-104.1135-8.713
131.8438-0.86380.61890.3713-0.17820.18520.89560.7149-0.68020.0228-0.3838-0.474-1.0342-1.312-0.27571.94880.29720.10910.6186-0.24841.735941.7145-133.4773-26.4366
141.71630.36261.74733.9719-1.49463.5887-0.39030.5531-3.3168-0.1711-0.2635-2.80862.5099-0.21330.06112.7122-1.00970.29951.00180.0062.478349.2402-130.9166-25.0958
155.0215-2.7322.33744.47-0.34719.0130.34340.025-1.4915-0.53250.56840.2192-0.03720.0042-0.85820.5724-0.0133-0.30940.9198-0.09311.181834.5477-71.657-6.8402
168.22-2.7911.5074.9842-1.30825.45010.0521.0497-0.56570.62270.288-0.3037-0.28270.5244-0.35360.8027-0.0461-0.34121.04560.12931.108164.1078-75.80623.7954
175.17540.07922.57472.3206-1.90125.31870.4212-0.3059-0.96310.3815-0.20380.93640.66191.5980.39511.18120.4311-0.50511.0849-0.19941.774794.2408-89.803444.3522
181.8327-2.7605-0.37755.2647-1.98267.65930.0968-1.25570.360.3174-0.33850.54321.8799-0.6-0.67441.05090.0515-0.85951.24480.22322.089396.8978-91.114244.2299
190.4253-0.326-0.18613.6332-4.37747.20620.0587-0.40661.22960.0056-0.0922-0.6111-1.59741.4543-0.43320.7757-0.1612-0.16391.15030.23050.25133.9857-40.5663-14.0464
207.36970.61460.16339.3194-0.24548.01940.57390.8615-0.2365-1.91161.1054-0.57060.014-0.3755-0.40230.7209-0.0635-0.15810.7215-0.15470.819434.5258-56.8561-16.2796
217.5753-0.9656-0.71575.90860.77796.42230.0159-0.2317-0.3341-0.62120.26920.5429-0.5261-0.4852-0.60390.5499-0.1176-0.1380.65010.03880.488131.351-49.3082-15.6242
224.778-0.7161-0.15922.3384-0.85051.9567-0.2482-0.29350.79790.10330.83280.6956-0.02060.9348-0.55930.7479-0.08190.10681.4316-0.22480.360740.7346-52.6416-9.6714
234.2323-4.7012-3.52768.30975.47126.65420.36270.11850.58550.7032-0.4079-0.24-0.5080.217-0.04550.9889-0.12650.00930.69830.00561.400117.2131-20.2639.176
241.83452.5581-3.4633.3392-4.60346.36410.0517-1.5229-0.16151.6157-2.5577-1.01-0.3433-0.87040.42231.56830.0022-0.00720.4289-0.35661.93265.454811.302513.215
255.7673.7457-0.62845.0128-3.38214.30470.54810.11980.7133-1.88851.091-0.35171.049-1.09730.61671.84770.2261-0.09790.81120.13732.0856-1.483316.91037.6869
261.7021-0.8886-0.82580.48760.68343.2520.5084-0.12030.0582-1.9693-0.11420.17-4.3784-1.11110.12282.61381.38910.4727-0.9769-0.36611.74880.012523.893913.0047
272.44282.8167-1.42653.7075-0.96362.0797-1.21060.01781.32721.0217-1.22080.9964-2.1134-0.5123-1.1991.9343-0.3618-0.11180.5949-0.00871.94733.124812.219418.6889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 190 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 207 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 278 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 308 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 67 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 68 through 136 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 137 through 171 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 172 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 187 through 198 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 199 through 229 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 230 through 292 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 293 through 312 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 38 through 130 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 131 through 215 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 216 through 261 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 262 through 304 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 37 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 60 through 88 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 89 through 120 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 121 through 136 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 137 through 222 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 223 through 259 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 260 through 282 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 283 through 300 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 301 through 312 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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