PDB-6dcr: E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dcr

タイトル

E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein

要素

Primosomal protein N'

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

PriA (プエルトリコ) /

Helicase (ヘリカーゼ) / DNA replication restart

機能・相同性

機能・相同性情報

DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex /

plasmid maintenance /

primosome complex /

DNA replication, synthesis of primer / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation /

helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.978 Å

データ登録者

Satyshur, K.A. / Windgassen, T.A. / Keck, J.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure-specific DNA replication-fork recognition directs helicase and replication restart activities of the PriA helicase.
著者: Windgassen, T.A. / Leroux, M. / Satyshur, K.A. / Sandler, S.J. / Keck, J.L.

履歴

登録	2018年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dcr.cif.gz	704.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dcr.ent.gz	592.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dgdC 4nl4S 4nl8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n4m-d 6e53-d 4n4k-d 4pcb-d 1kam-d 4n4j-d 4n4l-d 4rwm-d 4an4-1 7buv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Primosomal protein N'

B: Primosomal protein N'

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Primosomal protein N'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Primosomal protein N'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.132, 56.505, 195.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Primosomal protein N' / ATP-dependent helicase PriA / Replication factor Y 分子量: 77282.500 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 114-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletion of the winged helix domain (114-174) 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: priA, b3935, JW3906 / プラスミド: pET15b-EcoliPriA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: P17888, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.93 % 解説: Thin square sheets. Formed within one day and collected/froze after the second day.
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES-HCl pH 7.5, 9.5 % PEG 4000, 4 % Isopropanol, 8 % glycerol, 50 mM sodium malonate, and 25-100 mM sodium fluoride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12712 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.978→48.832 Å / Num. obs: 101849 / % possible obs: 96.75 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05904 / R_pim(I) all: 0.03598 / R_rim(I) all: 0.06941 / Net I/σ(I): 11.18
反射シェル	解像度: 1.978→2.049 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.299 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 9857 / CC_1/2: 0.374 / R_pim(I) all: 0.7657 / R_rim(I) all: 1.513 / % possible all: 94.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NL4 removing the winged helix domain

4nl4

解像度: 1.978→48.832 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	5084	4.99 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1871	101832	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.978→48.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9390	0	44	412	9846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9750
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	13310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.922	5782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9781-2.0006	0.3986	148	0.3688	2921	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0006-2.0241	0.3389	167	0.3184	3302	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0241-2.0488	0.344	184	0.2968	3135	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0488-2.0747	0.3215	150	0.2909	3263	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0747-2.102	0.2926	177	0.2684	3218	X-RAY DIFFRACTION	97
2.102-2.1308	0.2598	162	0.2588	3159	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1308-2.1612	0.286	173	0.2394	3229	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1612-2.1935	0.2732	169	0.2355	3156	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1935-2.2278	0.2498	175	0.2284	3233	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2278-2.2643	0.2671	172	0.226	3212	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2643-2.3033	0.2525	154	0.2191	3215	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3033-2.3452	0.2794	170	0.203	3171	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3452-2.3903	0.2361	157	0.1987	2910	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3903-2.4391	0.2053	160	0.1854	3233	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4391-2.4922	0.2343	166	0.1821	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4922-2.5501	0.2277	179	0.1835	3302	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5501-2.6139	0.2341	178	0.1775	3260	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6139-2.6846	0.2079	167	0.1776	3310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6846-2.7636	0.2061	181	0.1791	3256	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7636-2.8527	0.2363	163	0.1829	3277	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8527-2.9547	0.203	180	0.1765	3298	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9547-3.073	0.2251	165	0.1788	3279	X-RAY DIFFRACTION	99
3.073-3.2128	0.2199	174	0.1742	3277	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2128-3.3822	0.2057	174	0.1773	3294	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3822-3.594	0.2056	172	0.1635	3288	X-RAY DIFFRACTION	98
3.594-3.8714	0.1897	177	0.1649	3287	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8714-4.2608	0.1888	174	0.1575	3235	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2608-4.8768	0.1643	163	0.1503	3028	X-RAY DIFFRACTION	90
4.8768-6.1424	0.21	178	0.1906	3382	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1424-48.8469	0.2306	175	0.2148	3325	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6319	0.4349	-1.2955	1.7158	-0.6205	2.8691	-0.1568	-0.2092	0.0573	0.1415	0.182	-0.128	-0.192	0.015	-0.022	0.3604	0.0288	-0.0012	0.1433	-0.0214	0.3866	32.2316	2.6228	198.5389
2	2.6318	0.6719	0.611	1.1676	0.0828	3.1597	-0.2766	0.4276	-0.2929	-0.3275	0.2583	-0.1612	0.4631	0.0893	-0.0114	0.4617	-0.0777	0.1129	0.2402	-0.0632	0.4382	44.8509	4.4681	174.8327
3	6.8352	-2.0263	-1.5649	2.4219	0.938	3.0583	-0.014	-0.0931	-0.4875	-0.0217	0.0976	0.2016	0.633	0.0544	-0.0658	0.6037	-0.1556	-0.0817	0.5898	-0.0647	0.3918	20.5273	-15.9528	151.934
4	6.107	-0.25	-0.3573	5.6717	0.2241	7.5833	0.0145	-0.5631	-0.7248	0.7968	0.3551	-0.4824	0.9279	1.2285	-0.4123	0.8559	0.2588	-0.1395	1.073	-0.0804	0.7222	40.0823	-21.4742	159.7858
5	3.184	0.5769	-0.7997	1.7605	0.5325	3.2737	-0.0252	0.2256	0.0731	-0.0833	0.0639	0.0949	-0.1715	0.1842	-0.0422	0.3632	-0.1235	-0.1004	0.3413	0.0454	0.3464	20.2431	-1.7817	166.896
6	3.6422	-1.1533	0.7142	2.8079	-0.0185	2.7878	0.1475	0.1414	-0.0473	-0.1473	0.1478	0.5043	0.1074	-0.6901	-0.2948	0.5322	-0.0934	-0.0548	1.2442	0.1359	0.5685	45.99	-3.1334	103.3513
7	3.6891	-1.0544	1.6517	2.8319	-0.6002	4.5737	0.0123	0.5415	0.4157	0.0261	0.0106	-0.3807	-0.2151	0.3003	-0.0387	0.4513	-0.1074	0.01	1.1329	0.0029	0.5601	71.533	-6.5475	107.1253
8	1.574	-0.7921	-0.5442	1.1466	-0.0865	6.4282	-0.1252	0.2516	0.7262	-0.0557	0.1764	-0.0222	-0.7483	-0.1173	-0.0184	0.76	-0.1585	-0.2005	0.7936	-0.03	0.9201	78.3724	10.8553	138.8535
9	3.8534	0.0427	0.3978	1.663	0.1936	2.142	0.0176	0.1735	0.1886	0.0307	-0.0577	-0.1102	-0.3578	0.1001	-0.0027	0.6748	-0.1788	-0.1041	0.8907	0.02	0.4408	73.8971	-1.3076	132.9771
10	6.0182	-1.3429	-1.2212	8.0176	0.327	4.2581	-0.1259	0.1546	-0.1052	0.3972	0.0334	0.9526	-0.6921	-0.7234	0.2258	0.6776	-0.0772	-0.0235	1.1598	-0.0049	0.5962	48.9089	-6.2031	132.3067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 198 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 390 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 391 through 495 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 496 through 554 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 555 through 731 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 199 through 377 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 378 through 566 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 567 through 653 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 654 through 730 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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