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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dc2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase C301S variant | |||||||||
要素 | Carbon monoxide dehydrogenase一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme (金属タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.992 Å | |||||||||
データ登録者 | Wittenborn, E.C. / Drennan, C.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Redox-dependent rearrangements of the NiFeS cluster of carbon monoxide dehydrogenase. 著者: Wittenborn, E.C. / Merrouch, M. / Ueda, C. / Fradale, L. / Leger, C. / Fourmond, V. / Pandelia, M.E. / Dementin, S. / Drennan, C.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dc2.cif.gz | 932 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dc2.ent.gz | 768.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dc2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 67699.836 Da / 分子数: 4 / 変異: C301S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 遺伝子: cooS, DVU_2098 発現宿主: Desulfovibrio fructosivorans (バクテリア) 参照: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-非ポリマー , 7種, 1569分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-XCC / #5: 化合物 | ChemComp-FE / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM magnesium chloride, 18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.992→100 Å / Num. obs: 152978 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.992→2.04 Å / Num. unique obs: 41565 / Rsym value: 0.822 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6B6V 解像度: 1.992→93.272 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.67
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.992→93.272 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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