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万見
- PDB-6d80: Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter from N. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d80
タイトルCryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter from N. fischeri bound to saposin
要素
  • Mitochondrial calcium uniporter
  • Saposin A
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Mitochondria (ミトコンドリア) / calcium channel (カルシウムチャネル)
機能・相同性uniporter activity / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium channel activity / ミトコンドリア内膜 / Calcium uniporter protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aspergillus fischeri (カビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Nguyen, N.X. / Armache, J.-P. / Cheng, Y. / Bai, X.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of a fungal mitochondrial calcium uniporter.
著者: Nam X Nguyen / Jean-Paul Armache / Changkeun Lee / Yi Yang / Weizhong Zeng / Vamsi K Mootha / Yifan Cheng / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang /
要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus Neosartorya fischeri (NfMCU) determined to 3.8 Å resolution by phase-plate cryo-electron microscopy. The channel is a homotetramer with two-fold symmetry in its amino-terminal domain (NTD) that adopts a similar structure to that of human MCU. The NTD assembles as a dimer of dimers to form a tetrameric ring that connects to the transmembrane domain through an elongated coiled-coil domain. The ion-conducting pore domain maintains four-fold symmetry, with the selectivity filter positioned at the start of the pore-forming TM2 helix. The aspartate and glutamate sidechains of the conserved DIME motif are oriented towards the central axis and separated by one helical turn. The structure of NfMCU offers insights into channel assembly, selective calcium permeation, and inhibitor binding.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Data processing / カテゴリ: em_3d_reconstruction / Item: _em_3d_reconstruction.resolution
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7828
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Saposin A
H: Saposin A
G: Saposin A
I: Saposin A
J: Saposin A
K: Saposin A
A: Mitochondrial calcium uniporter
B: Mitochondrial calcium uniporter
C: Mitochondrial calcium uniporter
D: Mitochondrial calcium uniporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,22111
ポリマ－233,18110
非ポリマー401
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Assembly of the saposin A molecules was determined based on clear electron density in the cryo-EM map, low pass-filtered to 5 Angstrom resolution using the crystal structure of saposin A (PDB ...根拠: Assembly of the saposin A molecules was determined based on clear electron density in the cryo-EM map, low pass-filtered to 5 Angstrom resolution using the crystal structure of saposin A (PDB ID: 2DOB) as the starting model for model building and refinement.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13970 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area95800 Å2

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要素

#1: タンパク質
Saposin A


分子量: 6911.511 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質
Mitochondrial calcium uniporter /


分子量: 47928.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fischeri (カビ) / 遺伝子: NFIA_105760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1CWT6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Mitochondrial calcium uniporter / saposin complexORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#1-#20MULTIPLE SOURCES
2saposinProsaposinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Mitochondrial calcium uniporterORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Aspergillus fischeri (カビ)36630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, 2% glycerol
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: N. fischeri MCU was reconstituted into lipid using E. coli total lipids and human saposin A as the membrane scaffolding protein.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83343 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00711474
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.09515630
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.8746880
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561834
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072042

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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