+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d7w | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter from N. fischeri at 3.8 Angstrom resolution | ||||||||||||
要素 | Mitochondrial calcium uniporter | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Mitochondria / calcium channel | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / protein homotetramerization / mitochondrial inner membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Aspergillus fischeri (カビ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen, N.X. / Armache, J.-P. / Cheng, Y. / Bai, X.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of a fungal mitochondrial calcium uniporter. 著者: Nam X Nguyen / Jean-Paul Armache / Changkeun Lee / Yi Yang / Weizhong Zeng / Vamsi K Mootha / Yifan Cheng / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang / 要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus Neosartorya fischeri (NfMCU) determined to 3.8 Å resolution by phase-plate cryo-electron microscopy. The channel is a homotetramer with two-fold symmetry in its amino-terminal domain (NTD) that adopts a similar structure to that of human MCU. The NTD assembles as a dimer of dimers to form a tetrameric ring that connects to the transmembrane domain through an elongated coiled-coil domain. The ion-conducting pore domain maintains four-fold symmetry, with the selectivity filter positioned at the start of the pore-forming TM2 helix. The aspartate and glutamate sidechains of the conserved DIME motif are oriented towards the central axis and separated by one helical turn. The structure of NfMCU offers insights into channel assembly, selective calcium permeation, and inhibitor binding. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d7w.cif.gz | 218.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6d7w.ent.gz | 171.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6d7w_validation.pdf.gz | 915.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6d7w_full_validation.pdf.gz | 935.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6d7w_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6d7w_validation.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47928.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fischeri (カビ) / 遺伝子: NFIA_105760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1CWT6 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial calcium uniporter / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Aspergillus fischeri (カビ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, 2% glycerol |
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: N. fischeri MCU was reconstituted into lipid using E. coli total lipids and human saposin A as the membrane scaffolding protein. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83343 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|