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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6crd | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE SUBTYPE N9 (TERN) with tetrabrachion (TB) domain stalk | |||||||||
要素 | Tetrabrachion,Neuraminidase | |||||||||
キーワード | viral protein/hydrolase / NEURAMINIDASE / SIALIDASE / HYDROLASE(O-GLUCOSYL) / HYDROLASE-HYDROLASE / ARTIFICIAL STALK / Tetrabrachion / HYDROLASE / viral protein-hydrolase complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylothermus marinus (古細菌) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Streltsov, V.A. / Schmidt, P. / McKimm-Breschkin, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019 タイトル: Structure of an Influenza A virus N9 neuraminidase with a tetrabrachion-domain stalk. 著者: Streltsov, V.A. / Schmidt, P.M. / McKimm-Breschkin, J.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6crd.cif.gz | 726.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6crd.ent.gz | 607.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6crd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6crd_validation.pdf.gz | 7.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6crd_full_validation.pdf.gz | 7.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6crd_validation.xml.gz | 155.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6crd_validation.cif.gz | 212.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6crd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6crd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 941分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 53448.930 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylothermus marinus (古細菌), (組換発現) Influenza A virus (strain A/Tern/Australia/G70C/1975 H11N9) (A型インフルエンザウイルス) プラスミド: pMA (ampR) / 株: A/Tern/Australia/G70C/1975 H11N9 / 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): S. frugiperda (SF9) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q54436, UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-糖 , 4種, 31分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES buffer at pH7.0 with 10% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.57→40.04 Å / Num. obs: 108611 / % possible obs: 77.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Net I/σ(I): 2.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.63 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2590 / % possible all: 70.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NN9 解像度: 2.57→40.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.749 / SU B: 7.915 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.509 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.57→40.04 Å
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拘束条件 |
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