+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cdb | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of V66L CzrA in the Zn(II)bound state | |||||||||
要素 | ArsR family transcriptional regulator | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription regulator / Zn-binding protein / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / ArsR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Capdevila, D.A. / Campanello, G. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 タイトル: Functional Role of Solvent Entropy and Conformational Entropy of Metal Binding in a Dynamically Driven Allosteric System. 著者: Capdevila, D.A. / Edmonds, K.A. / Campanello, G.C. / Wu, H. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cdb.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6cdb.ent.gz | 38.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cdb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdb | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 12021.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: rzcA, CzrA, czrA, AFO97_05125, B9Z04_11610, B9Z08_13310, BJI53_13345, BN1321_350009, EP54_06885, EQ90_13065, ERS072738_01903, ERS072840_01825, HMPREF3211_00009 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85142 |
---|
-非ポリマー , 5種, 86分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Ches (pH 9.5), 200 mM NaCl and 10% polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2012年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→41.41 Å / Num. obs: 13796 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.782 / Rsym value: 0.716 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.99→29.608 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.22
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.09 Å2 / Biso mean: 38.3334 Å2 / Biso min: 23.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→29.608 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
|