PDB-6c51: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c51

タイトル

Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

要素

Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

Protein Design (タンパク質設計) / Cross-alpha Amyloid

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, L. / Zhang, S.Q.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures.
著者: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2018年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c51.cif.gz	51.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c51.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c4xC 6c4yC 6c4zC 6c50C 6c52C 6d02C 6o3nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ny4-d 1bsn-d 1vwo-d 2e3l-d 3mqm-1 4i60-d 6bek-2 2f3w-d 6zfe-d 5vnb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

C: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

B: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

D: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL

ヘテロ分子

12.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.210, 53.210, 134.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-102- PO4
2	1	D-204- HOH
3	1	D-205- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL 分子量: 2974.649 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 45% MPD, 0.6 M NaH2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.3 Å / Num. obs: 14468 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.7 % / Net I/σ(I): 31.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2→46.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 8.941 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.178 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26186	409	5 %	RANDOM
R_work	0.2353	-	-	-
obs	0.23659	7841	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0.23 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→46.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	812	0	38	15	865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.954	2.124	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.769	3	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.822	5	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.701	21.481	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.824	15	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.392	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.211	4.094	404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.212	4.088	403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.082	6.082	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.08	6.089	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.093	4.681	457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.092	4.689	458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.813	6.998	659
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.321	74.104	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.32	74.116	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	23	-
R_work	0.275	571	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.614	-0.1718	0.5708	5.9465	-5.8709	13.5028	0.0789	-0.0561	-0.0805	0.0316	-0.0859	0.0333	0.2426	0.1832	0.007	0.014	-0.0056	0.0099	0.0228	-0.0236	0.035	27.0201	-20.8064	-10.1939
2	5.6458	5.3684	-0.9995	12.2273	-3.0989	3.9662	-0.0684	-0.0232	0.0752	0.057	-0.0047	-0.1324	-0.0524	0.013	0.0731	0.0466	0.0348	0.0147	0.0756	-0.0144	0.0332	36.6969	-17.7437	-18.779
3	2.3206	0.1968	-0.6694	2.2596	-0.5862	8.0141	0.039	0.101	-0.2092	-0.1162	-0.0023	0.1927	0.1644	-0.1598	-0.0367	0.0537	-0.026	-0.0034	0.0332	-0.0276	0.143	18.7071	-24.5746	-14.7086
4	7.5718	5.1244	-0.1321	7.6487	-0.3489	2.7434	0.0305	0.2321	0.0908	-0.0795	-0.0076	0.194	0.0225	-0.0793	-0.0229	0.0955	0.0601	0.0349	0.0688	0.0002	0.0427	36.5994	-21.6747	-28.4739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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