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- PDB-6c1r: Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1r
タイトルCrystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan
要素
  • PMX53
  • Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR (生体膜) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance ...complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / activation of phospholipase C activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular defense response / Peptide ligand-binding receptors / 好中球 / secretory granule membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / Regulation of Complement cascade / astrocyte activation / G protein-coupled receptor activity / microglial cell activation / mRNA transcription by RNA polymerase II / 認識 / positive regulation of angiogenesis / 走化性 / apical part of cell / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / basolateral plasma membrane / electron transfer activity / ペリプラズム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / 炎症 / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / シグナル伝達 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
PMX53 / アバコパン / マロン酸 / オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / TRIETHYLENE GLYCOL / Soluble cytochrome b562 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, H. / Wang, L. / Wei, Z. / Zhang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Orthosteric and allosteric action of the C5a receptor antagonists.
著者: Liu, H. / Kim, H.R. / Deepak, R.N.V.K. / Wang, L. / Chung, K.Y. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera
L: PMX53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,20613
ポリマ－48,4052
非ポリマー2,80211
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.411, 52.608, 83.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BL

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera / Cytochrome b-562 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor / C5aR


分子量: 47505.480 Da / 分子数: 1
断片: cytochrome (UNP residues 23-127) + C5a receptor (UNP residues 30-331)
変異: M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, C5AR1, C5AR, C5R1 / プラスミド: pFastbac / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P21730
#2: タンパク質・ペプチド PMX53


タイプ: Cyclic peptide環状ペプチド / 分子量: 899.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: PMX53

-
非ポリマー , 7種, 56分子

#3: 化合物 ChemComp-EFD / avacopan / (2R,3S)-2-[4-(cyclopentylamino)phenyl]-1-(2-fluoro-6-methylbenzene-1-carbonyl)-N-[4-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidine-3-carboxamide / アバコパン / アバコパン


分子量: 581.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35F4N3O2 / コメント: 薬剤, 阻害剤, アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 25-32% PEG300, 100 mM MES, pH6.5, 90-120 mM sodium malonate, 1% P400, 5 uM avacopan, 5 uM PMX53

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 25865 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.244.10.99812110.4550.5221.1330.65994.8
2.24-2.284.90.94512790.5180.4561.0550.65197.9
2.28-2.325.30.87312600.7250.3960.9630.6498.7
2.32-2.375.90.80612800.7440.3490.8820.65899.2
2.37-2.426.20.6813170.860.2880.7410.6399.7
2.42-2.486.60.62112430.8570.2540.6730.67199.6
2.48-2.546.90.57113020.8960.2290.6170.672100
2.54-2.616.80.45312980.9180.1830.4890.725100
2.61-2.687.40.37912870.9470.1470.4070.721100
2.68-2.777.30.31813190.9550.1240.3420.735100
2.77-2.877.50.2812730.9640.1070.3010.782100
2.87-2.997.40.23613050.9740.0910.2540.854100
2.99-3.127.50.20213140.9820.0780.2170.9599.9
3.12-3.297.40.16812860.9830.0660.1811.11799.9
3.29-3.497.30.13413000.9890.0520.1441.28699.9
3.49-3.767.20.11313080.9930.0450.1221.664100
3.76-4.147.40.0913020.9940.0360.0971.2799.8
4.14-4.736.20.07412950.9950.0320.0811.39498.6
4.73-5.967.30.07313240.9950.0290.0791.17799.8
5.96-306.90.06713620.9950.0280.0731.18299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZUD

4zud


解像度: 2.2→27.359 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 1264 5.06 %
Rwork0.1923 --
obs0.1939 24988 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.8 Å2 / Biso mean: 50.596 Å2 / Biso min: 20.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→27.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 196 45 3087
Biso mean--59.8 40.09 -
残基数----378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0064200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9691104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.28810.28961430.26232561270498
2.2881-2.39220.27471320.2342617274999
2.3922-2.51820.23321450.212326182763100
2.5182-2.67580.21821420.186926172759100
2.6758-2.88220.22341340.179626542788100
2.8822-3.17190.22391430.182726162759100
3.1719-3.630.23481390.190526712810100
3.63-4.56990.21981430.175826452788100
4.5699-27.36130.20481430.196927252868100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.12770.22680.94869.92517.30786.3671-0.2125-0.2045-0.08450.0837-0.38050.90260.1342-0.64770.67120.2155-0.0325-0.02440.34740.04090.4346-14.36643.6881-37.2846
24.16670.2231-4.06791.81430.24116.2736-0.34180.3763-0.463-0.1778-0.15110.33960.4013-0.67810.41880.2239-0.0272-0.05040.26220.00050.3268-7.4133-2.6149-42.297
33.83791.7358-4.20061.8088-1.70668.1873-0.13570.1197-0.0611-0.1520.03760.14290.2027-0.4560.04890.2402-0.0027-0.03310.22050.00990.3031-0.6147-0.3595-37.2673
49.8847-8.1057-2.1087.9615-2.3982.0046-0.26430.1909-0.9075-0.7611-0.36870.42281.87630.23760.510.7084-0.00510.06290.6283-0.00290.658113.047-2.2271-62.8976
51.437-1.0429-0.76323.62661.879.909-0.1725-0.1023-0.12660.2467-0.03640.29290.4797-0.09690.17770.1984-0.02290.00040.16190.02690.27233.3137-6.5401-33.5986
67.18913.5175-5.18573.434-2.66029.40540.1243-1.2552-0.57220.8491-0.4552-0.201-0.25980.7640.2490.4970.0303-0.00730.35580.06970.33593.91452.7249-20.2858
76.9298-0.31052.02755.4067-0.80482.1047-0.13060.9380.1906-0.7645-0.1927-0.05530.16050.11570.26690.3192-0.04880.02330.3441-0.00860.250910.098113.2462-53.2813
81.31580.35630.01671.80691.31145.9045-0.1231-0.05190.08880.0178-0.03360.2239-0.1685-0.12070.17790.19560.0481-0.01940.18730.03470.3328-2.298410.8855-35.0153
92.02460.2562-7.57283.1961.32479.50370.22351.0624-0.4686-0.4094-0.08260.4131-0.3321-0.4982-0.02930.50550.0241-0.17580.7121-0.01720.6522-11.10192.7421-59.698
107.05291.47963.69833.829-0.60623.0745-0.01361.0447-0.2053-1.14120.1771-0.187-0.3652-0.6067-0.11490.90720.01270.12961.0657-0.19390.4423-6.357917.7385-3.2386
112.00060.83575.58051.7833-0.25363.513-0.1844-1.31030.39690.3662-0.15710.5971-0.1205-1.8260.30770.7072-0.08560.19361.0935-0.26420.5194-9.718716.09846.99
122.01133.24917.38735.91371.25035.34970.1044-0.1261-0.61730.65650.1077-0.02350.5947-0.8169-0.24460.917-0.13230.14680.8016-0.28090.6033-6.19718.8653.3397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 65 )A30 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 97 )A66 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 139 )A98 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 149 )A140 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 180 )A150 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 181 through 211 )A181 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 212 through 237 )A212 - 237
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 238 through 305 )A238 - 305
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 306 through 327 )A306 - 327
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 12 through 68 )B12 - 68
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 69 through 90 )B69 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 91 through 110 )B91 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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