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- PDB-6bwp: Crystal structure of Deoxy Hemoglobin in complex with beta Cys93 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwp
タイトルCrystal structure of Deoxy Hemoglobin in complex with beta Cys93 modifying agent, TD3
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / Hemoglobin (ヘモグロビン) / Antisickling / Allosteric effector (エフェクター (生化学)) / TD3
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-1,2,3-triazole-5-thiol / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Safo, R.M. / Safo, M.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10-OD021756 米国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)MD009124 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK082971 米国
引用ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2018
タイトル: A Triazole Disulfide Compound Increases the Affinity of Hemoglobin for Oxygen and Reduces the Sickling of Human Sickle Cells.
著者: Nakagawa, A. / Ferrari, M. / Schleifer, G. / Cooper, M.K. / Liu, C. / Yu, B. / Berra, L. / Klings, E.S. / Safo, R.S. / Chen, Q. / Musayev, F.N. / Safo, M.K. / Abdulmalik, O. / Bloch, D.B. / Zapol, W.M.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,74910
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6686
水15,853880
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.675, 82.225, 53.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-EBJ / 1H-1,2,3-triazole-5-thiol / 1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4-チオ-ル


分子量: 101.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.6 / 詳細: 3.4M Na Phosphate/NH4 Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54057 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日 / 詳細: VariMax-HF Arc Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→12.797 Å / Num. obs: 57586 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.22
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 5.88 / Num. unique obs: 5764 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dn2

2dn2


解像度: 1.7→12.797 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 2954 5.13 %
Rwork0.1583 --
obs0.1603 57555 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→12.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 184 880 5448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2516464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5381600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72780.2541330.18612488X-RAY DIFFRACTION93
1.7278-1.75750.20151520.1852450X-RAY DIFFRACTION95
1.7575-1.78940.27331310.18212590X-RAY DIFFRACTION96
1.7894-1.82370.22581420.17732539X-RAY DIFFRACTION98
1.8237-1.86080.24271360.16822559X-RAY DIFFRACTION97
1.8608-1.90120.22381330.17242592X-RAY DIFFRACTION97
1.9012-1.94530.20761300.17722577X-RAY DIFFRACTION98
1.9453-1.99370.25391450.16812574X-RAY DIFFRACTION98
1.9937-2.04740.19751520.16162596X-RAY DIFFRACTION98
2.0474-2.10740.18881370.15912606X-RAY DIFFRACTION98
2.1074-2.17510.17721440.1582593X-RAY DIFFRACTION98
2.1751-2.25250.19881510.15762606X-RAY DIFFRACTION99
2.2525-2.34210.18811290.15952649X-RAY DIFFRACTION99
2.3421-2.4480.1871430.15552605X-RAY DIFFRACTION99
2.448-2.57610.21561290.16292659X-RAY DIFFRACTION99
2.5761-2.7360.20931300.16332632X-RAY DIFFRACTION99
2.736-2.94490.18971390.1612664X-RAY DIFFRACTION100
2.9449-3.23690.17551550.16322635X-RAY DIFFRACTION100
3.2369-3.69540.17481390.13952628X-RAY DIFFRACTION98
3.6954-4.61910.17951480.13072660X-RAY DIFFRACTION100
4.6191-12.79710.19231560.16042699X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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