+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bro | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of ASK1-D3 ubiquitin ligase form1 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / F-box (Fボックスタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / 隔膜形成体 / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / 隔膜形成体 / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / SCF複合体 / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Shabek, N. / Zheng, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structural plasticity of D3-D14 ubiquitin ligase in strigolactone signalling. 著者: Shabek, N. / Ticchiarelli, F. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Leyser, O. / Zheng, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bro.cif.gz | 571.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6bro.ent.gz | 471.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6bro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6bro | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75828.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q5VMP0 #2: タンパク質 | 分子量: 17876.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q39255 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: ...TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: EQPCSVANGT | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 6.5% CP-42; 175 mM Sodium Citrate tribasic dihydrate; 87 mM HEPES sodium pH 7.5; 26% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→119.93 Å / Num. obs: 75576 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 35.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique all: 3332 / Rsym value: 0.403 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→119.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 17.074 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.242 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121.59 Å2 / Biso mean: 39.15 Å2 / Biso min: 11.87 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→119.93 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|