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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b1c | ||||||
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タイトル | Macrophage Migration Inhibitory Factor in complex with a Naphthyridinone Inhibitor (4a) | ||||||
要素 | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
キーワード | ISOMERASE/ISOMERASE inhibitor / CD74 BINDING / TAUTOMERASE / INHIBITOR (酵素阻害剤) / COMPLEX / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR COMPLEX / ISOMERASE (異性化酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cellular senescence / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / 細胞老化 / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.163 Å | ||||||
データ登録者 | Krimmer, S.G. / Robertson, M.J. / Jorgensen, W.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017 タイトル: Adding a Hydrogen Bond May Not Help: Naphthyridinone vs Quinoline Inhibitors of Macrophage Migration Inhibitory Factor. 著者: Dawson, T.K. / Dziedzic, P. / Robertson, M.J. / Cisneros, J.A. / Krimmer, S.G. / Newton, A.S. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b1c.cif.gz | 81.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b1c.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b1c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / プラスミド: PET11B / Cell (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 7, 3% ISOPROPANOL, 2% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月27日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 28763 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1067 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 71.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3U18 解像度: 2.163→38.589 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.16
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.163→38.589 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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