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万見
- PDB-6b00: Thermostabilized mutant of human carbonic anhydrase II - A65T L10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b00
タイトルThermostabilized mutant of human carbonic anhydrase II - A65T L100H K154N L224S L240P A248T
要素Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / carbon sequestration / thermostable (耐熱性) / protein engineering (タンパク質工学)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Kean, K.M. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into a thermostable variant of human carbonic anhydrase II.
著者: Kean, K.M. / Porter, J.J. / Mehl, R.A. / Karplus, P.A.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2873
ポリマ－30,1301
非ポリマー1582
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.620, 43.760, 57.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / 炭酸脱水酵素 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 30129.773 Da / 分子数: 1 / 変異: A65T, L100H, K153N, L223S, L239P, A247T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9737.42
21.9737.42
31.9737.42
41.9737.42
51.9737.42
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2781蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Tris pH 8, 2.5 M ammonium sulfate
2782蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Tris pH 8, 2.5 M ammonium sulfate
2783蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Tris pH 8, 2.5 M ammonium sulfate
2784蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Tris pH 8, 2.5 M ammonium sulfate
2785蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Tris pH 8, 2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
31003
41004
51005
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンALS 5.0.220.886
シンクロトロンALS 5.0.230.886
シンクロトロンALS 5.0.240.886
シンクロトロンALS 5.0.250.886
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2015年2月8日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2015年9月4日
ADSC QUANTUM 315r3CCD2015年9月4日
ADSC QUANTUM 315r4CCD2015年9月5日
ADSC QUANTUM 315r5CCD2015年9月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.8861
31
41
51
反射

Entry-ID: 6B00

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.11-46.737440280.16.120.990.053120.22
0.9-23.515886690.93.30.990.04427.32
0.9-23.1755679032.81.220.990.04739.38
0.9-18.1513447920.11.40.990.1546.57
0.9-23.21213913080.11.260.990.04557.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CA2

1ca2


解像度: 0.9→46.788 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1442 8058 4.99 %random selection
Rwork0.1196 ---
obs0.1208 161593 93.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→46.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 7 409 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.343419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.576950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9-0.91960.45493710.43897503X-RAY DIFFRACTION73
0.9196-0.9410.39124220.39638067X-RAY DIFFRACTION79
0.941-0.96450.35834460.3478525X-RAY DIFFRACTION83
0.9645-0.99060.31854530.30188766X-RAY DIFFRACTION86
0.9906-1.01970.26124840.2579077X-RAY DIFFRACTION89
1.0197-1.05270.23915160.2069381X-RAY DIFFRACTION92
1.0527-1.09030.18935040.1749773X-RAY DIFFRACTION95
1.0903-1.13390.18395270.150810107X-RAY DIFFRACTION98
1.1339-1.18550.14025600.114910134X-RAY DIFFRACTION99
1.1855-1.24810.13155250.104110240X-RAY DIFFRACTION100
1.2481-1.32630.12935360.09710275X-RAY DIFFRACTION100
1.3263-1.42870.12665440.095510242X-RAY DIFFRACTION100
1.4287-1.57240.1195420.091110326X-RAY DIFFRACTION100
1.5724-1.80.10985190.087710335X-RAY DIFFRACTION100
1.8-2.26780.10775420.085810375X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-46.85180.12895670.10210409X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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