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- PDB-6ayu: Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphatase T84S from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ayu
タイトルCrystal structure of fructose-1,6-bisphosphatase T84S from Mycobacterium tuberculosis
要素Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Fructose-1 (フルクトース) / 6-bisphosphatase / gluconeogenesis (糖新生) / Class II phosphatase / Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / 糖新生 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #90 / Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / マロン酸 / Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C. / Wolf, N. / Gutka, H.J. / Movahedzadeh, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
PottsG3541 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of the Mycobacterium tuberculosis GlpX protein (class II fructose-1,6-bisphosphatase): implications for the active oligomeric state, catalytic mechanism and citrate inhibition.
著者: Wolf, N.M. / Gutka, H.J. / Movahedzadeh, F. / Abad-Zapatero, C.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,63315
ポリマ－73,2932
非ポリマー1,34013
水2,954164
1
A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子

A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,26530
ポリマ－146,5864
非ポリマー2,68026
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area16900 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area44020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.890, 130.890, 142.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-561-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Fructose-1,6-bisphosphatase class 2 / FBPase class 2 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase class 2


分子量: 36646.406 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-362 / 変異: T84S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: glpX, MRA_1110 / プラスミド: pET15b / Cell (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U1E6, fructose-bisphosphatase
#2: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸 / フルクトース-6-リン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 175分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 37421 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.025 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1825 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.425 / Rsym value: 1.326 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3d1r

3d1r


解像度: 2.2→38.5 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1839 4.91 %
Rwork0.204 --
obs0.206 37420 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4611 0 84 164 4859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.026445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5613371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2540.27291490.25312641X-RAY DIFFRACTION99
2.254-2.32030.31531200.25562686X-RAY DIFFRACTION100
2.3203-2.39520.34281450.25252682X-RAY DIFFRACTION100
2.3952-2.48080.32251400.24872711X-RAY DIFFRACTION100
2.4808-2.58010.28891470.24842684X-RAY DIFFRACTION100
2.5801-2.69750.2571370.23232701X-RAY DIFFRACTION100
2.6975-2.83970.29761290.23542737X-RAY DIFFRACTION100
2.8397-3.01760.24671230.22742724X-RAY DIFFRACTION100
3.0176-3.25040.28831410.22262728X-RAY DIFFRACTION100
3.2504-3.57730.25531520.2112750X-RAY DIFFRACTION100
3.5773-4.09450.24271580.18112750X-RAY DIFFRACTION100
4.0945-5.15660.19981570.17012801X-RAY DIFFRACTION100
5.1566-38.50920.24831410.19232986X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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