PDB-6ax0: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01 in complex with epicatechin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ax0

タイトル

Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01 in complex with epicatechin

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

PLANT PROTEIN (植物) /

PEANUT (ラッカセイ) /

ALLERGEN (アレルゲン)

機能・相同性

機能・相同性情報

response to biotic stimulus /

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response /

signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ax0.cif.gz	134.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ax0.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ax0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6ax0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6ax0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6awrC 6awsC 6awtC 6awuC 6awvC 6awwC 6awxC 6awyC 6awzC 4mapS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m9w-1 6b1d-1 6awt-2 6awt-4 6awt-3 6awv-1 6b1d-3 6aww-3 6kvn-d 6awv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.435, 92.068, 39.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 2 - 157

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16973.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-28E / (2R,3R)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromene-3,5,7-triol / Epicatechin / エピカテキン / カテキン分子量: 290.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM potassium bromide, 30% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 9891 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 467 / R_pim(I) all: 0.205 / R_rim(I) all: 0.423 / R_sym value: 0.333 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAP

4map

解像度: 2.5→46.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26855	557	5.7 %	RANDOM
R_work	0.22531	-	-	-
obs	0.22796	9231	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	-0 Å²	-1.72 Å²
2-	-	-2.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2328	0	44	26	2398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	2.012	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.754	3	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.365	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.166	26.404	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.813	15	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.821	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.294	3.441	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.293	3.439	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.123	5.156	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.123	5.158	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.306	3.684	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.305	3.687	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.148	5.47	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.375	41.418	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.375	41.436	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9168 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	39	-
R_work	0.286	682	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9039	-1.1774	-0.2467	8.6861	1.0117	3.0722	-0.165	-0.1771	0.0556	0.466	0.5798	-0.2063	0.0046	-0.0499	-0.4148	0.0457	0.0298	0.0056	0.1782	-0.018	0.0914	4.718	5.197	15.98
2	3.829	-1.2953	-4.3591	6.5786	1.8797	7.8928	-0.1354	0.033	-0.7583	-0.3816	-0.291	0.7022	-0.1906	0.0469	0.4263	0.0754	-0.0242	0.0392	0.1717	-0.007	0.266	-3.06	-3.447	8.179
3	1.9198	0.2336	1.1924	10.9093	6.0188	6.0541	-0.286	-0.206	-0.0436	0.7894	0.2526	0.1822	0.24	0.0565	0.0334	0.1281	0.0455	0.0089	0.1494	0.0326	0.0153	4.765	-2.65	20.147
4	1.6782	2.481	0.2973	9.8546	-0.8923	1.2199	0.0166	0.0124	-0.1165	-0.2183	0.0227	-0.3179	0.1422	-0.0906	-0.0394	0.1721	0.048	0.0226	0.1805	-0.0589	0.0823	11.916	-12.096	14.642
5	7.3572	-6.3514	1.9455	16.6898	-1.5028	4.1263	-0.0534	-0.2633	0.0352	0.2658	0.1763	-0.4289	-0.2854	0.3318	-0.123	0.0804	-0.033	0.0243	0.1341	-0.0284	0.0305	6.028	13.355	15.372
6	3.6743	-1.1399	0.3553	8.5977	2.5959	0.9604	-0.327	-0.1395	0.1701	0.6861	0.8857	-1.9748	0.1583	0.2881	-0.5587	0.1682	0.0606	-0.1219	0.3549	-0.1709	0.5445	22.892	23.371	8.444
7	2.5858	-1.976	-3.5905	9.6785	1.1176	5.3469	0.2109	0.1254	0.0159	-0.6068	-0.0546	0.5424	-0.2233	-0.1587	-0.1563	0.0508	-0.0104	-0.021	0.1126	0.0169	0.0621	7.751	26.776	-1.123
8	6.4166	-6.3377	1.4593	10.7431	-0.1454	1.5135	0.0396	-0.0322	0.1354	-0.2166	0.2218	-0.6811	-0.0112	0.1493	-0.2613	0.0155	-0.0397	0.0129	0.2091	-0.0393	0.2086	20.035	29.535	5.081
9	1.3454	1.3896	1.0517	10.6361	-4.4139	4.1494	-0.0446	-0.0464	0.2183	0.3524	-0.1223	0.1732	-0.2527	0.0905	0.1668	0.0866	0.0712	0.0517	0.1903	-0.0381	0.1762	14.362	41.159	12.62
10	3.1489	0.8379	0.312	12.8386	5.5444	3.388	-0.2334	-0.3502	-0.1328	0.1597	0.2814	0.0419	0.0961	0.2432	-0.0479	0.0255	0.039	0.0267	0.1587	0.0184	0.0897	14.884	15.65	7.177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	120 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	141 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 22
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	23 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	73 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	120 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	138 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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