PDB-6au0: Crystal structure of PPK2 (Class III) in complex with bisphosphon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6au0

タイトル

Crystal structure of PPK2 (Class III) in complex with bisphosphonate inhibitor (2-((3,5-dichlorophenyl)amino)ethane-1,1-diyl)diphosphonic acid

要素

Polyphosphate:AMP phosphotransferase

キーワード

transferase/transferase inhibitor / PPK2 / kinase / bisphosphonate inhibitor / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nocek, B. / Ruszkowski, M. / Joachimiak, A. / Berlicki, L. / Yakunin, A.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Substrate Selectivity and Activity of Bacterial Polyphosphate Kinases
著者: Nocek, B. / Khusnutdinova, A.N. / Ruszkowski, M. / Flick, R. / Burda, M. / Batyrova, K. / Brown, G. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Berlicki, L. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6au0.cif.gz	142.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6au0.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6au0_validation.pdf.gz	891.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6au0_full_validation.pdf.gz	893.7 KB	表示
XML形式データ	6au0_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6au0_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6an9C 6angC 6anhC 6aqeC 6aqnC 6b18C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ang-d 6b18-d 6anh-d 3t2f-d 6aqn-d 3ens-1 3hpt-1 6an9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyphosphate:AMP phosphotransferase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.355, 109.355, 179.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-625- HOH
2	1	A-626- HOH
3	1	A-630- HOH

#1: タンパク質	Polyphosphate:AMP phosphotransferase 分子量: 35577.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) (バクテリア) 株: ATCC 33406 / NCIMB 9469 / 遺伝子: CHU_0107 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q11YW6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの
#2: 化合物	ChemComp-BWJ / {[(3,5-dichlorophenyl)amino]methylene}bis(phosphonic acid) / 3,5-ジクロロアニリノメチレンビスホスホン酸分子量: 336.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉Cl₂NO₆P₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Phosphate Citrate pH 4.2 40% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 32073 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.141 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 1588 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→93.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 8.818 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22048	1622	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18247	-	-	-
obs	0.18435	30340	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→93.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2451	0	30	134	2615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.935	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	2.995	5692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.827	5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.085	25.042	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.378	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.382	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.563	3.143	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.563	3.143	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.49	4.704	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.489	4.704	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.381	3.53	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.376	3.53	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.882	5.157	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.345	26.17	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.345	26.18	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	126	-
R_work	0.275	2217	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3603	1.2168	0.3766	1.1736	-0.0065	1.8637	-0.0861	0.2581	-0.2147	-0.0139	0.2079	-0.1614	-0.3328	0.6292	-0.1219	0.0958	-0.0271	0.0463	0.4794	-0.0797	0.1399	36.1323	6.35	1.5313
2	0.0369	0.1707	-0.0238	1.042	0.0307	3.0972	-0.012	-0.0385	-0.0433	-0.0271	-0.0308	-0.0773	-0.1799	-0.0127	0.0428	0.1494	0.0665	0.0098	0.3119	-0.0073	0.2015	22.4028	6.4779	4.2144
3	3.5483	2.9695	-3.5433	3.9566	-2.9224	3.5511	0.2396	-0.1568	0.1975	0.0547	-0.0951	0.3723	-0.1939	0.164	-0.1445	0.2013	0.0592	0.0378	0.2138	0.0007	0.234	10.1163	3.1989	5.9226
4	0.9143	0.6737	-0.0063	1.0519	-0.9105	1.5183	0.1294	-0.1052	0.1791	0.0451	-0.0885	0.1156	0.1015	0.0841	-0.0409	0.1886	0.0767	0.017	0.2673	-0.015	0.2268	14.9255	-4.8359	9.1684
5	8.082	0.1203	3.153	0.6318	-0.9447	3.006	0.5031	-0.8366	-0.1389	0.0402	-0.2966	0.0724	0.2005	-0.0805	-0.2065	0.2676	-0.0636	-0.0102	0.3866	0.0448	0.1238	11.4013	-16.5197	20.7756
6	0.6623	0.4923	0.3653	0.6358	0.4821	0.5542	0.0464	0.0077	-0.1047	0.0163	0.0387	-0.1597	0.1571	0.2487	-0.0851	0.1668	0.1386	-0.0213	0.2879	0.0089	0.256	22.51	-9.4938	5.3986
7	5.2308	-2.9345	-0.8215	6.2914	1.5791	0.4194	-0.1384	-0.1871	0.0005	0.3778	0.118	0.0436	0.0364	0.0872	0.0204	0.2843	-0.0089	-0.0644	0.3183	-0.032	0.0498	25.2501	14.6735	23.8334
8	0.3979	0.0176	-0.8989	3.7507	3.1077	4.9138	0.1765	-0.0527	-0.1266	0.2394	-0.1736	-0.1742	-0.0351	-0.0149	-0.003	0.1903	0.0728	-0.1453	0.3692	0.045	0.159	26.1795	-3.1257	21.0995
9	0.6648	0.2359	0.8639	0.4643	-0.0414	1.5569	-0.0225	0.1882	-0.0543	0.0204	0.0092	-0.1215	-0.0408	0.5137	0.0133	0.0701	0.0495	0.0111	0.4268	-0.046	0.2205	31.8425	3.9054	1.7954
10	0.8098	-1.1755	-0.2797	2.5672	-1.2783	3.4721	0.0462	0.0757	-0.2112	0.2615	0.0386	0.3181	-0.8624	-0.51	-0.0848	0.2525	0.1323	0.0518	0.5171	0.04	0.1644	16.6923	17.3361	-30.389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	151 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	165 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	198 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	220 - 243
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	244 - 276
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	277 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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