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- PDB-6aqf: Crystal structure of A2AAR-BRIL in complex with the antagonist ZM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aqf
タイトルCrystal structure of A2AAR-BRIL in complex with the antagonist ZM241385 produced from Pichia pastoris
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / A2AAR / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / adenosine receptor (アデノシン受容体) / human A2AAR_BRIL chimera / LCP / antagonist complex (受容体拮抗薬) / Pichia pastoris
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / 中間径フィラメント / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / response to inorganic substance / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / electron transfer activity / ペリプラズム / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / 樹状突起 / glutamatergic synapse / apoptotic process / lipid binding / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / オレイン酸 / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Eddy, M.T. / Lee, M.Y. / Gao, Z. / White, K. / Didenko, T. / Horst, R. / Audet, M. / Stanczak, P. / McClary, K.M. / Han, G.W. ...Eddy, M.T. / Lee, M.Y. / Gao, Z. / White, K. / Didenko, T. / Horst, R. / Audet, M. / Stanczak, P. / McClary, K.M. / Han, G.W. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wuthrich, K.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Allosteric Coupling of Drug Binding and Intracellular Signaling in the A2A Adenosine Receptor.
著者: Eddy, M.T. / Lee, M.Y. / Gao, Z.G. / White, K.L. / Didenko, T. / Horst, R. / Audet, M. / Stanczak, P. / McClary, K.M. / Han, G.W. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wuthrich, K.
履歴
登録2017年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,54617
ポリマ－48,2891
非ポリマー5,25716
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area21390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.837, 180.973, 140.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 48289.180 Da / 分子数: 1
断片: UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 linked via UNP P0ABE7 residues 23-128,UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 linked via UNP P0ABE7 residues 23-128,UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 ...断片: UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 linked via UNP P0ABE7 residues 23-128,UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 linked via UNP P0ABE7 residues 23-128,UNP P29274 residues 2-208 and 219-316 linked via UNP P0ABE7 residues 23-128
変異: M1007W, H1102I, R1106L,M1007W, H1102I, R1106L,M1007W, H1102I, R1106L
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 35分子

#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385 / ZM-241,385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 26-28 % (v/v) PEG400 40-60 mM sodium thiocyanate 2% (v/v) 2,5-hexanediol 100mM sodium citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.16 Å / Num. obs: 16063 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 53.72 Å2 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.581 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIY

4eiy


解像度: 2.51→30.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.597 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.585 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 797 4.97 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 16035 89.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.665 Å20 Å20 Å2
2--0.7979 Å20 Å2
3---0.8671 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→30.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 0 288 19 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013313HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.064487HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1550SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes470HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3313HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion444SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3714SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 106 4.32 %
Rwork0.211 2349 -
all0.212 2455 -
obs--77.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8681-0.1586-0.07061.13360.02610.93040.00510.01510.0597-0.0518-0.02140.048-0.08250.02830.0163-0.1732-0.0024-0.0007-0.2452-0.0129-0.265622.2278188.39417.7777
22.7786-2.6997-0.37879.30111.85714.76230.007-0.2175-0.276-0.08320.16640.206-0.02370.0679-0.1734-0.16170.0591-0.0156-0.29670.00240.0962-2.3143236.46620.2439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|306 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1106 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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