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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ail | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 1.3 ANGSTROMS RESOLUTION OF A NOVEL UDG, UdgX, FROM Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | Uracil DNA glycosylase X | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA repair (DNA修復) / Base excision / DNA-Protein crosslink. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA修復 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.335 Å | ||||||
データ登録者 | Ahn, W.C. / Aroli, S. / Varshney, V. / Woo, E.J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019 タイトル: Covalent binding of uracil DNA glycosylase UdgX to abasic DNA upon uracil excision. 著者: Ahn, W.C. / Aroli, S. / Kim, J.H. / Moon, J.H. / Lee, G.S. / Lee, M.H. / Sang, P.B. / Oh, B.H. / Varshney, U. / Woo, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ail.cif.gz | 125.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ail.ent.gz | 96.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ail.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ail ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ail | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24372.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Asp165, Asp166, and Pro209 could not be modeled. 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP43 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.0M Ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1M BIS-TRIS propane pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.335→50 Å / Num. obs: 42217 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 55.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.187 / Num. unique obs: 1864 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.335→28.106 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.335→28.106 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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