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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ahr | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human Ribonuclease P | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / Ribonuclease P / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing ...multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / centriolar satellite / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / fibrillar center / rRNA processing / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, J. / Niu, S. / Tan, M. / Lan, P. / Lei, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM Structure of the Human Ribonuclease P Holoenzyme. 著者: Jian Wu / Shuangshuang Niu / Ming Tan / Chenhui Huang / Mingyue Li / Yang Song / Qianmin Wang / Juan Chen / Shaohua Shi / Pengfei Lan / Ming Lei / 要旨: Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in ...Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in complex with tRNA. Human RNase P is a large ribonucleoprotein complex that contains 10 protein components and one catalytic RNA. The protein components form an interlocked clamp that stabilizes the RNA in a conformation optimal for substrate binding. Human RNase P recognizes the tRNA using a double-anchor mechanism through both protein-RNA and RNA-RNA interactions. Structural comparison of the apo and tRNA-bound human RNase P reveals that binding of tRNA induces a local conformational change in the catalytic center, transforming the ribozyme into an active state. Our results also provide an evolutionary model depicting how auxiliary RNA elements in bacterial RNase P, essential for substrate binding, and catalysis, were replaced by the much more complex and multifunctional protein components in higher organisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ahr.cif.gz | 635.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ahr.ent.gz | 499.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ahr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ahr_validation.pdf.gz | 1003.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ahr_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ahr_validation.xml.gz | 78.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ahr_validation.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ahr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ahr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BE
#2: タンパク質 | 分子量: 114896.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99575, ribonuclease P |
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#5: タンパク質 | 分子量: 18844.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969H6, ribonuclease P |
-Ribonuclease P protein subunit ... , 8種, 9分子 CDFGHIJKL
#3: タンパク質 | 分子量: 31891.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78345, ribonuclease P | ||||
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#4: タンパク質 | 分子量: 25474.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95707, ribonuclease P | ||||
#6: タンパク質 | 分子量: 20659.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUL9, ribonuclease P | ||||
#7: タンパク質 | 分子量: 15672.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75817, ribonuclease P | ||||
#8: タンパク質 | 分子量: 13707.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95059, ribonuclease P | ||||
#9: タンパク質 | 分子量: 29364.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78346, ribonuclease P #10: タンパク質 | | 分子量: 17596.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H633, ribonuclease P #11: タンパク質 | | 分子量: 41884.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75818, ribonuclease P |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 A
#12: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#1: RNA鎖 | 分子量: 110244.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 31969 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNase P / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 400198 / 対称性のタイプ: POINT |