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- PDB-6ah3: Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P with pre-tRNA substrate -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6ah3
タイトルCryo-EM structure of yeast Ribonuclease P with pre-tRNA substrate
構成要素
  • (Ribonuclease P ...) x 2
  • (Ribonuclease P/MRP protein subunit ...) x 2
  • (Ribonucleases P/MRP protein subunit ...) x 5
  • RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
  • pre-tRNA
キーワードHYDROLASE/RNA / Ribonuclease P / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20 / Pop1, N-terminal / Alba-like domain superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P/MRP protein subunit / DNA/RNA-binding protein Alba-like / RNAse P, Rpr2/Rpp21 subunit / POPLD domain / Rof/RNase P-like ...Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20 / Pop1, N-terminal / Alba-like domain superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P/MRP protein subunit / DNA/RNA-binding protein Alba-like / RNAse P, Rpr2/Rpp21 subunit / POPLD domain / Rof/RNase P-like / RNase P, subunit Pop3 / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonuclease P/MRP, p29 subunit / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop6 / Ribonuclease P/MRP, subunit POP7 / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 superfamily / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / RNase P subunit Pop3 / Rnp2-like domain superfamily / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Domain of unknown function UPF0086 / RNase P subunit p30 / Rpp14/Pop5 family / Alba / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / POPLD (NUC188) domain / intronic box C/D snoRNA processing / ribonuclease MRP activity / ribonuclease MRP complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, endonucleolytic cleavage-dependent decay / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P / telomerase holoenzyme complex / RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing / mRNA cleavage / ribonuclease activity / rRNA processing / RNA binding / 細胞核 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 / Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / Ribonuclease P protein subunit RPR2 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 / gb:1163001456:
機能・相同性情報
試料の由来Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.48 Å 分解能
データ登録者Lan, P. / Tan, M. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Science / : 2018
タイトル: Structural insight into precursor tRNA processing by yeast ribonuclease P.
著者: Pengfei Lan / Ming Tan / Yuebin Zhang / Shuangshuang Niu / Juan Chen / Shaohua Shi / Shuwan Qiu / Xuejuan Wang / Xiangda Peng / Gang Cai / Hong Cheng / Jian Wu / Guohui Li / Ming Lei
要旨: Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of ...Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of RNase P alone and in complex with pre-tRNA The protein components form a hook-shaped architecture that wraps around the RNA and stabilizes RNase P into a "measuring device" with two fixed anchors that recognize the L-shaped pre-tRNA. A universally conserved uridine nucleobase and phosphate backbone in the catalytic center together with the scissile phosphate and the O3' leaving group of pre-tRNA jointly coordinate two catalytic magnesium ions. Binding of pre-tRNA induces a conformational change in the catalytic center that is required for catalysis. Moreover, simulation analysis suggests a two-metal-ion S2 reaction pathway of pre-tRNA cleavage. These results not only reveal the architecture of yeast RNase P but also provide a molecular basis of how the 5'-leader of pre-tRNA is processed by eukaryotic RNase P.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年8月16日 / 公開: 2018年10月17日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年10月17日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年12月26日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_volume

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-9622
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P RNA
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
C: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
D: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
E: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
F: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
G: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
H: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
I: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
J: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
K: Ribonuclease P protein subunit RPR2
T: pre-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,06515
ポリマ-450,95112
非ポリマ-1143
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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構成要素

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Ribonuclease P ... , 2種, 2分子 AK

#1: RNA鎖 Ribonuclease P RNA


分子量: 118857.781 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1163001456
#10: タンパク質・ペプチド Ribonuclease P protein subunit RPR2 / / RNA-processing protein RPR2 / RNase P 16.4 kDa subunit


分子量: 16375.049 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40571, ribonuclease P

-
Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 5種, 5分子 BCFGH

#2: タンパク質・ペプチド Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / RNA-processing protein POP1 / RNases P/MRP 100.4 kDa subunit


分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41812, ribonuclease P
#3: タンパク質・ペプチド Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 / RNA-processing protein POP3 / RNases MRP/P 22.6 kDa subunit


分子量: 22643.721 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53833
#6: タンパク質・ペプチド Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / RNA-processing protein POP6 / RNases P/MRP 18.2 kDa subunit


分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53218, ribonuclease P
#7: タンパク質・ペプチド Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNA-processing protein POP7 / RNases P/MRP 15.8 kDa subunit


分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38291, ribonuclease P
#8: タンパク質・ペプチド Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / RNA-processing protein POP8 / RNases P/MRP 15.5 kDa subunit


分子量: 15530.351 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38208, ribonuclease P

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Ribonuclease P/MRP protein subunit ... , 2種, 3分子 EIJ

#5: タンパク質・ペプチド Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / RNA-processing protein POP5 / RNase P/MRP 19.6 kDa subunit


分子量: 19601.590 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28005, ribonuclease P
#9: タンパク質・ペプチド Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / RNA-processing protein RPP1 / RNaseP/MRP 32.2 kDa subunit


分子量: 32270.262 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38786, ribonuclease P

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タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 DT

#11: RNA鎖 pre-tRNA


分子量: 25830.324 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
詳細: in vitro transcription / プラスミドの名称: pGlms / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: タンパク質・ペプチド RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / RNA-processing protein POP4


分子量: 32933.168 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
詳細: cell / : ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38336

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非ポリマー , 2種, 3分子

#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / : Mg / マグネシウム
#13: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / : Zn / 亜鉛

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1RNase P with pre-tRNA substrateCOMPLEX1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,110MULTIPLE SOURCES
2RNase PCOMPLEX1,2,3,4,5,6,7,8,9,101NATURAL
3pre-tRNACOMPLEX111RECOMBINANT
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
22559292Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
33559292Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Plasmid: pGlms
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.5625
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.48 / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176896 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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