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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ah3 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P with pre-tRNA substrate | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / Ribonuclease P (リボヌクレアーゼP) / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity ...ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / telomerase holoenzyme complex / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA processing / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||
データ登録者 | Lan, P. / Tan, M. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structural insight into precursor tRNA processing by yeast ribonuclease P. 著者: Pengfei Lan / Ming Tan / Yuebin Zhang / Shuangshuang Niu / Juan Chen / Shaohua Shi / Shuwan Qiu / Xuejuan Wang / Xiangda Peng / Gang Cai / Hong Cheng / Jian Wu / Guohui Li / Ming Lei / 要旨: Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of ...Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of RNase P alone and in complex with pre-tRNA The protein components form a hook-shaped architecture that wraps around the RNA and stabilizes RNase P into a "measuring device" with two fixed anchors that recognize the L-shaped pre-tRNA. A universally conserved uridine nucleobase and phosphate backbone in the catalytic center together with the scissile phosphate and the O3' leaving group of pre-tRNA jointly coordinate two catalytic magnesium ions. Binding of pre-tRNA induces a conformational change in the catalytic center that is required for catalysis. Moreover, simulation analysis suggests a two-metal-ion S2 reaction pathway of pre-tRNA cleavage. These results not only reveal the architecture of yeast RNase P but also provide a molecular basis of how the 5'-leader of pre-tRNA is processed by eukaryotic RNase P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ah3.cif.gz | 638.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ah3.ent.gz | 519.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ah3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ribonuclease P ... , 2種, 2分子 AK
#1: RNA鎖 | 分子量: 118857.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1163001456 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 16375.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40571, リボヌクレアーゼP |
-Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 5種, 5分子 BCFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41812, リボヌクレアーゼP |
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#3: タンパク質 | 分子量: 22643.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53833 |
#6: タンパク質 | 分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53218, リボヌクレアーゼP |
#7: タンパク質 | 分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38291, リボヌクレアーゼP |
#8: タンパク質 | 分子量: 15530.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38208, リボヌクレアーゼP |
-Ribonuclease P/MRP protein subunit ... , 2種, 3分子 EIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 19601.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28005, リボヌクレアーゼP |
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#9: タンパク質 | 分子量: 32270.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38786, リボヌクレアーゼP |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 DT
#11: RNA鎖 | 分子量: 25830.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) プラスミド: pGlms / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#4: タンパク質 | 分子量: 32933.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38336 |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pGlms | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176896 / 対称性のタイプ: POINT |