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万見
- PDB-6adq: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6adq
タイトルRespiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 4
  • Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • LpqE protein
  • Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
  • Rieske iron-sulfur protein QcrA
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit
  • Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Respiratory (呼吸器) / Supercomplex / SOD / Mycobacterium (マイコバクテリウム属) / ETC / Lipoprotein (リポタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / シトクロムc / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9XX / Chem-9Y0 / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 ...Chem-9XX / Chem-9Y0 / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / パルミチン酸 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Uncharacterized protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / シトクロムcオキシダーゼ / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / LpqE protein / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gong, H.R. / Xu, A. / Gao, R.G. / Ji, W.X. / Wang, S.H. / Wang, Q. / Li, J. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: An electron transfer path connects subunits of a mycobacterial respiratory supercomplex.
著者: Hongri Gong / Jun Li / Ao Xu / Yanting Tang / Wenxin Ji / Ruogu Gao / Shuhui Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Jingwen Li / Hsin-Yung Yen / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Xiuna Yang / Yuna Sun / ...著者: Hongri Gong / Jun Li / Ao Xu / Yanting Tang / Wenxin Ji / Ruogu Gao / Shuhui Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Jingwen Li / Hsin-Yung Yen / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Xiuna Yang / Yuna Sun / Xuemei Li / Minze Jia / Cheng Yang / Biao Jiang / Zhiyong Lou / Carol V Robinson / Luet-Lok Wong / Luke W Guddat / Fei Sun / Quan Wang / Zihe Rao /
要旨: We report a 3.5-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of a respiratory supercomplex isolated from It comprises a complex III dimer flanked on either side by individual complex IV ...We report a 3.5-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of a respiratory supercomplex isolated from It comprises a complex III dimer flanked on either side by individual complex IV subunits. Complex III and IV associate so that electrons can be transferred from quinol in complex III to the oxygen reduction center in complex IV by way of a bridging cytochrome subunit. We observed a superoxide dismutase-like subunit at the periplasmic face, which may be responsible for detoxification of superoxide formed by complex III. The structure reveals features of an established drug target and provides a foundation for the development of treatments for human tuberculosis.
履歴
登録2018年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9610
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9610
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Cytochrome c oxidase subunit 2
F: Cytochrome c oxidase subunit 1
G: Cytochrome c oxidase subunit 3
H: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
I: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
J: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
D: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
Y: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
K: LpqE protein
B: Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit
C: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
A: Rieske iron-sulfur protein QcrA
Q: Cytochrome c oxidase subunit 2
R: Cytochrome c oxidase subunit 1
S: Cytochrome c oxidase subunit 3
T: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
U: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
V: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
P: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
Z: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
W: LpqE protein
N: Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit
O: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
M: Rieske iron-sulfur protein QcrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)769,56698
ポリマ－710,17524
非ポリマー59,39174
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 4種, 8分子 EQFRGSIU

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / / Cytochrome C oxidase subunit II ctaC


分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R057, シトクロムcオキシダーゼ
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase subunit 1 CtaD


分子量: 64162.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0D6HTJ9*PLUS, シトクロムcオキシダーゼ
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase subunit 3 CtaE


分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R049, シトクロムcオキシダーゼ
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit CtaJ / シトクロムcオキシダーゼ


分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B6

-
タンパク質 , 8種, 16分子 HTJVDPYZKWBNCOAM

#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R056, シトクロムcオキシダーゼ
#6: タンパク質 Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Cytochrome c oxidase subunit CtaI


分子量: 15910.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B5
#7: タンパク質 Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1


分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVH4*PLUS
#8: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 23232.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QQQ1, スーパーオキシドディスムターゼ
#9: タンパク質 LpqE protein


分子量: 19118.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R562
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit / Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB


分子量: 60274.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R052
#11: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrC


分子量: 30857.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FPH1, quinol-cytochrome-c reductase
#12: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein QcrA


分子量: 46383.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
参照: UniProt: I7GD61

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非ポリマー , 11種, 74分子

#13: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A / Heme A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-9Y0 / (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P
#17: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#18: 化合物
ChemComp-9XX / (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate / (S)-1-(palmitoyloxy)propan-2-yl (S)-10-methyloctadecanoate


分子量: 594.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H74O4
#19: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P
#20: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#21: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9 / メナキノン


分子量: 785.233 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#22: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#23: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

配列の詳細Sequence reference of entity 2/7 are available at NCBI with accession code WP_029104145.1 and WP_ ...Sequence reference of entity 2/7 are available at NCBI with accession code WP_029104145.1 and WP_003893930.1 respectively.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV supercomplex from Mycobacterium smegmatisスーパーオキシドディスムターゼ
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.8 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 46.4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202215 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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