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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6acl | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | histone lysine desuccinylase Sirt5 in complex with succinyl peptide H2AK95 | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / histone lysine desuccinylase Sirt5 in complex with succinyl peptide H2AK95 | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / mitochondrion organization / response to nutrient levels / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / HATs acetylate histones / transferase activity / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / ミトコンドリアマトリックス / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hang, T.R. / Chen, W.B. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 8件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: complex structure of histone lysine desuccinylase Sirt5 with succinyl peptide H2AK95 著者: Hang, T.R. / Chen, W.B. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6acl.cif.gz | 73.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6acl.ent.gz | 51.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6acl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/6acl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/6acl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6aceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29054.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1243.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04908*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 5.5), 25% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→58.15 Å / Num. obs: 19522 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique obs: 3340 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ACE 解像度: 1.92→58.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.842 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.92→58.15 Å
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拘束条件 |
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