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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a90 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/TOXIN / complex / sodium channel / toxin / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell presynaptic membrane / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / neuronal action potential / sodium channel regulator activity / toxin activity / axon / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) Diguetia canities (クモ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Shen, H.Z. / li, Z.Q. / Jiang, Y. / Pan, X.J. / Wu, J.P. / Cristofori-Armstrong, B. / Smith, J.J. / Chin, Y.K.Y. / Lei, J.L. / Zhou, Q. ...Shen, H.Z. / li, Z.Q. / Jiang, Y. / Pan, X.J. / Wu, J.P. / Cristofori-Armstrong, B. / Smith, J.J. / Chin, Y.K.Y. / Lei, J.L. / Zhou, Q. / King, G.F. / Yan, N. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, オーストラリア, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the modulation of voltage-gated sodium channels by animal toxins. 著者: Huaizong Shen / Zhangqiang Li / Yan Jiang / Xiaojing Pan / Jianping Wu / Ben Cristofori-Armstrong / Jennifer J Smith / Yanni K Y Chin / Jianlin Lei / Qiang Zhou / Glenn F King / Nieng Yan / 要旨: Animal toxins that modulate the activity of voltage-gated sodium (Na) channels are broadly divided into two categories-pore blockers and gating modifiers. The pore blockers tetrodotoxin (TTX) and ...Animal toxins that modulate the activity of voltage-gated sodium (Na) channels are broadly divided into two categories-pore blockers and gating modifiers. The pore blockers tetrodotoxin (TTX) and saxitoxin (STX) are responsible for puffer fish and shellfish poisoning in humans, respectively. Here, we present structures of the insect Na channel NaPaS bound to a gating modifier toxin Dc1a at 2.8 angstrom-resolution and in the presence of TTX or STX at 2.6-Å and 3.2-Å resolution, respectively. Dc1a inserts into the cleft between VSD and the pore of NaPaS, making key contacts with both domains. The structures with bound TTX or STX reveal the molecular details for the specific blockade of Na access to the selectivity filter from the extracellular side by these guanidinium toxins. The structures shed light on structure-based development of Na channel drugs. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a90.cif.gz | 261.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a90.ent.gz | 203.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6a90_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6a90_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6a90_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6a90_validation.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 183875.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D0E0C2 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 6502.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Diguetia canities (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49126 | ||||
#3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255265 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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