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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zqr | ||||||
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タイトル | Tankyrase-2 in complex with compound 40c | ||||||
要素 | (Tankyrase-2) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Tankyrase / PARP / ADP-ribosylation (ADPリボース化) / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / 核膜 / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / ゴルジ体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Yoshimoto, N. / Tsumura, T. / Okue, M. / Shirouzu, M. / Seimiya, H. / Umehara, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019 タイトル: Discovery of Novel Spiroindoline Derivatives as Selective Tankyrase Inhibitors. 著者: Shirai, F. / Tsumura, T. / Yashiroda, Y. / Yuki, H. / Niwa, H. / Sato, S. / Chikada, T. / Koda, Y. / Washizuka, K. / Yoshimoto, N. / Abe, M. / Onuki, T. / Mazaki, Y. / Hirama, C. / Fukami, T. ...著者: Shirai, F. / Tsumura, T. / Yashiroda, Y. / Yuki, H. / Niwa, H. / Sato, S. / Chikada, T. / Koda, Y. / Washizuka, K. / Yoshimoto, N. / Abe, M. / Onuki, T. / Mazaki, Y. / Hirama, C. / Fukami, T. / Watanabe, H. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / Okue, M. / Kano, Y. / Watanabe, T. / Kitamura, K. / Shitara, E. / Muramatsu, Y. / Yoshida, H. / Mizutani, A. / Seimiya, H. / Yoshida, M. / Koyama, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zqr.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zqr.ent.gz | 79.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zqr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19150.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / プラスミド: pCR2.1TOPO / 発現宿主: Cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / プラスミド: pCR2.1TOPO / 発現宿主: Cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase |
-非ポリマー , 5種, 147分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-9H9 / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 2.4M (NH4)2HPO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→47.18 Å / Num. obs: 26944 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 27.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1395 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 1.146 / Rsym value: 1.096 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZQO 解像度: 1.75→36.5 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.67
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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